一、公告出臺背景
為加大對科技型企業(yè)特別是中小企業(yè)的政策扶持，有力推動大眾創(chuàng)業(yè)、萬眾創(chuàng)新，培育創(chuàng)造新技術(shù)、新業(yè)態(tài)和提供新供給的生力軍，促進(jìn)經(jīng)濟(jì)升級轉(zhuǎn)型升級，2016年，科技部、財政部、稅務(wù)總局聯(lián)合下發(fā)了《關(guān)于修訂印發(fā)<高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法>的通知》（國科發(fā)火〔2016〕32號，以下簡稱《認(rèn)定辦法》）及配套文件《關(guān)于修訂印發(fā)<高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引>的通知》（國科發(fā)火〔2016〕195號，以下簡稱《工作指引》）。
《認(rèn)定辦法》和《工作指引》出臺后，《國家稅務(wù)總局關(guān)于實(shí)施高新技術(shù)企業(yè)所得稅優(yōu)惠有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2009〕203號，以下簡稱“203號文件”）作為與原《認(rèn)定辦法》和《工作指引》相配套的稅收優(yōu)惠管理性質(zhì)的文件，其有關(guān)內(nèi)容需要適時加以調(diào)整和完善，以實(shí)現(xiàn)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理和稅收優(yōu)惠管理的有效銜接，保障和促進(jìn)高新技術(shù)企業(yè)優(yōu)惠政策的貫徹落實(shí)。為此，特制定本公告。
二、公告主要內(nèi)容
�。ㄒ唬┟鞔_高新技術(shù)企業(yè)享受優(yōu)惠的期間根據(jù)企業(yè)所得稅法的規(guī)定，企業(yè)所得稅按納稅年度計算，因此高新技術(shù)企業(yè)也是按年享受稅收優(yōu)惠。而高新技術(shù)企業(yè)證書上注明的發(fā)證時間是具體日期，不一定是一個完整納稅年度，且有效期為3年。這就導(dǎo)致了企業(yè)享受優(yōu)惠期間和高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定證書的有效期不完全一致。為此，公告明確，企業(yè)獲得高新技術(shù)企業(yè)資格后，自其高新技術(shù)企業(yè)證書注明的發(fā)證時間所在年度起申報享受稅收優(yōu)惠，并按規(guī)定向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理備案手續(xù)。例如，A企業(yè)取得的高新技術(shù)企業(yè)證書上注明的發(fā)證時間為2016年11月25日，A企業(yè)可自2016年度1月1日起連續(xù)3年享受高新技術(shù)企業(yè)稅收優(yōu)惠政策，即，享受高新技術(shù)企業(yè)稅收優(yōu)惠政策的年度為2016、2017和2018年。
按照上述原則，高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定證書發(fā)放當(dāng)年已開始享受稅收優(yōu)惠，則在期滿當(dāng)年應(yīng)停止享受稅收優(yōu)惠。但鑒于其高新技術(shù)企業(yè)證書仍有可能處于有效期內(nèi)，且繼續(xù)取得高新技術(shù)企業(yè)資格的可能性非常大，為保障高新技術(shù)企業(yè)的利益，實(shí)現(xiàn)優(yōu)惠政策的無縫銜接，公告明確高新技術(shù)企業(yè)資格期滿當(dāng)年內(nèi)，在通過重新認(rèn)定前，其企業(yè)所得稅可暫按15%的稅率預(yù)繳，在年底前仍未取得高新技術(shù)企業(yè)資格的，則應(yīng)按規(guī)定補(bǔ)繳稅款。如，A企業(yè)的高新技術(shù)企業(yè)證書在2019年4月20日到期，在2019年季度預(yù)繳時企業(yè)仍可按高新技術(shù)企業(yè)15%稅率預(yù)繳。如果A企業(yè)在2019年年底前重新獲得高新技術(shù)企業(yè)證書，其2019年度可繼續(xù)享受稅收優(yōu)惠。如未重新獲得高新技術(shù)企業(yè)證書，則應(yīng)按25%的稅率補(bǔ)繳少繳的稅款。
�。ǘ┟鞔_稅務(wù)機(jī)關(guān)日常管理的范圍、程序和追繳期限在《認(rèn)定辦法》第十六條基礎(chǔ)上，公告進(jìn)一步明確了稅務(wù)機(jī)關(guān)的后續(xù)管理，主要有以下幾點(diǎn)：
一是明確后續(xù)管理范圍。《認(rèn)定辦法》出臺以后，稅務(wù)機(jī)關(guān)和納稅人對高新技術(shù)企業(yè)在享受優(yōu)惠期間是否需要符合認(rèn)定條件存在較大的爭議。經(jīng)與財政部、科技部溝通，《認(rèn)定辦法》第十六條中所稱“認(rèn)定條件”是較為寬泛的概念，既包括高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定時的條件，也包括享受稅收優(yōu)惠期間的條件。因此，公告將稅務(wù)機(jī)關(guān)后續(xù)管理的范圍明確為高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定過程中和享受優(yōu)惠期間，統(tǒng)一了管理范圍，明確了工作職責(zé)。
二是調(diào)整后續(xù)管理程序。此前，按照203號文件的規(guī)定，稅務(wù)部門發(fā)現(xiàn)高新技術(shù)企業(yè)不符合優(yōu)惠條件的，可以追繳高新技術(shù)企業(yè)已減免的企業(yè)所得稅稅款，但不取消其高新技術(shù)企業(yè)資格。按照《認(rèn)定辦法》第十六條的規(guī)定，公告對203號文件的后續(xù)管理程序進(jìn)行了調(diào)整，即，稅務(wù)機(jī)關(guān)如發(fā)現(xiàn)高新技術(shù)企業(yè)不符合認(rèn)定條件的，應(yīng)提請認(rèn)定機(jī)構(gòu)復(fù)核。復(fù)核后確認(rèn)不符合認(rèn)定條件的，由認(rèn)定機(jī)構(gòu)取消其高新技術(shù)企業(yè)資格后，通知稅務(wù)機(jī)關(guān)追繳稅款。
三是明確追繳期限。為統(tǒng)一執(zhí)行口徑，公告將《認(rèn)定辦法》第十六條中的追繳期限“不符合認(rèn)定條件年度起”明確為“證書有效期內(nèi)自不符合認(rèn)定條件年度起”，避免因?yàn)槔斫馄顚?dǎo)致擴(kuò)大追繳期限，切實(shí)保障納稅人的合法權(quán)益。
�。ㄈ┟鞔_高新技術(shù)企業(yè)優(yōu)惠備案要求《認(rèn)定辦法》和《工作指引》出臺后，認(rèn)定條件、監(jiān)督管理要求等均發(fā)生了變化，有必要對享受優(yōu)惠的備案資料和留存?zhèn)洳橘Y料進(jìn)行適當(dāng)調(diào)整。公告對此進(jìn)行了明確。在留存?zhèn)洳橘Y料中，涉及主要產(chǎn)品（服務(wù)）發(fā)揮核心支持作用的技術(shù)所屬領(lǐng)域、高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）及對應(yīng)收入、職工和科技人員、研發(fā)費(fèi)用比例等相關(guān)指標(biāo)時，需留存享受優(yōu)惠年度的資料備查。
�。ㄋ模┟鞔_執(zhí)行時間和銜接問題
一是考慮到本公告加強(qiáng)了高新技術(shù)企業(yè)稅收管理，按照不溯及既往原則，明確本公告適用于2017年度及以后年度企業(yè)所得稅匯算清繳。
二是《認(rèn)定辦法》自2016年1月1日起開始實(shí)施。但按照《科技部 財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法>的通知》（國科發(fā)火〔2008〕172號）認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)仍在有效期內(nèi)。在一段時間內(nèi)，按不同認(rèn)定辦法認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)還將同時存在，但認(rèn)定條件、監(jiān)督管理要求等并不一致。為公平、合理起見，公告明確了“老人老辦法，新人新辦法”的處理原則，以妥善解決新舊銜接問題。即按照《認(rèn)定辦法》認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)按本公告規(guī)定執(zhí)行，按國科發(fā)火〔2008〕172號文件認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)仍按照203號文件和《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布〈企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策事項(xiàng)辦理辦法〉的公告》（國家稅務(wù)總局公告2015年第76號）的有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。
三是明確《國家稅務(wù)總局關(guān)于高新技術(shù)企業(yè)資格復(fù)審期間企業(yè)所得稅預(yù)繳問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2011年第4號）廢止。
