由于建筑業(yè)具有與制造業(yè)、服務(wù)業(yè)完全不同的特性，業(yè)務(wù)和管理更加復(fù)雜，“營(yíng)改增”將給建筑業(yè)本身和稅務(wù)機(jī)關(guān)的管理帶來新的挑戰(zhàn)。

名義稅負(fù)上升，可抵扣部分少。根據(jù)《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈營(yíng)業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)方案〉的通知》（財(cái)稅〔2011〕110號(hào)）中的相關(guān)內(nèi)容，建筑業(yè)將采取11%的稅率，將比營(yíng)業(yè)稅下3%的稅率有較大幅度的上升，同時(shí)建筑業(yè)的主要成本是勞務(wù)工人的工資支出，這部分是無法進(jìn)行增值稅抵扣的，這些都是導(dǎo)致稅負(fù)上升的重要因素。

納稅地點(diǎn)由勞務(wù)發(fā)生地改為機(jī)構(gòu)所在地，導(dǎo)致稅源不均衡。建筑業(yè)對(duì)各個(gè)工程項(xiàng)目的管理主要采取內(nèi)部承包的形式，即總公司將工程項(xiàng)目以承包的形式分包給項(xiàng)目經(jīng)理，但項(xiàng)目經(jīng)理仍是公司員工，總公司仍是承擔(dān)民事法律責(zé)任的主體。在這種形式下，總公司仍是名義上的納稅人，分散在各地的項(xiàng)目部不是獨(dú)立經(jīng)營(yíng)的主體，也不屬于分支機(jī)構(gòu)。營(yíng)業(yè)稅采取的是勞務(wù)發(fā)生地原則，納稅人可以向應(yīng)稅勞務(wù)發(fā)生地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅。而“營(yíng)改增”后采取的是機(jī)構(gòu)所在地原則，根據(jù)“營(yíng)改增”試點(diǎn)實(shí)施辦法，固定業(yè)戶應(yīng)向其機(jī)構(gòu)所在地或居住地稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅，因此應(yīng)由總公司向其機(jī)構(gòu)所在地申報(bào)繳納包括所有項(xiàng)目公司在內(nèi)的建筑業(yè)收入。由于“營(yíng)改增”后的稅收收入仍屬于地方收入，因此由勞務(wù)發(fā)生地改為機(jī)構(gòu)所在地，將會(huì)影響稅收收入的劃分，導(dǎo)致地方稅源的不均衡。

“包工包料”由混合銷售轉(zhuǎn)為混業(yè)經(jīng)營(yíng)，帶來稅負(fù)上升。建筑業(yè)多采取包工包料的形式，即建筑公司在提供建筑勞務(wù)的同時(shí)，一并提供建筑所需的建筑材料。營(yíng)業(yè)稅暫行條例規(guī)定，除了提供建筑勞務(wù)同時(shí)銷售自產(chǎn)貨物外，建筑公司的混合銷售行為應(yīng)全部繳納營(yíng)業(yè)稅。而“營(yíng)改增”后，建筑公司如果兼有不同稅率的銷售貨物或者應(yīng)稅服務(wù)的，應(yīng)當(dāng)分別核算適用不同稅率或者征收率的銷售額，未分別核算銷售額的從高適用稅率。在原來混合銷售下，建筑業(yè)銷售貨物和提供建筑勞務(wù)可以一起按營(yíng)業(yè)稅稅率繳稅，而混業(yè)經(jīng)營(yíng)下，銷售貨物應(yīng)按17%征收，提供建筑勞務(wù)按11%征收，未分別核算的一并按17%征收，稅負(fù)要比全部按建筑勞務(wù)征收的情況有所上升。

“甲供材料”部分的進(jìn)項(xiàng)稅額無法抵扣。甲供材料即建設(shè)方或工程發(fā)包方（甲方）提供工程用各類材料物資、動(dòng)力給工程承接方（乙方），乙方不墊付采購(gòu)資金，材料發(fā)票交由甲方。由于材料的發(fā)票是開具給甲方而不是建筑公司的，因此“營(yíng)改增”后建筑公司無法抵扣這部分材料的進(jìn)項(xiàng)稅額。營(yíng)業(yè)稅下納稅人提供建筑業(yè)營(yíng)業(yè)額，應(yīng)當(dāng)包括工程所用原材料、設(shè)備及其他物資和動(dòng)力價(jià)款在內(nèi)，不包括建設(shè)方提供的設(shè)備的價(jià)款。即使“營(yíng)改增”后延續(xù)這一規(guī)定，那么建筑公司應(yīng)在營(yíng)業(yè)額中計(jì)入包括甲供材料在內(nèi)的所有材料動(dòng)力等價(jià)款，可以將甲方提供的設(shè)備價(jià)款排除在外，但是抵扣不了設(shè)備以外材料部分的進(jìn)項(xiàng)稅額。

就地取材、個(gè)體供料的方式影響抵扣憑證的取得。建筑業(yè)流動(dòng)性大、施工地域廣，建筑施工中的土方、水泥、砂石等多為就地采購(gòu)，而這些環(huán)節(jié)的供應(yīng)商大部分是個(gè)體納稅人，建筑公司難以及時(shí)取得抵扣憑證，因此也無法抵扣相應(yīng)進(jìn)項(xiàng)稅額。

增值稅管理要實(shí)現(xiàn)以票控稅與項(xiàng)目化管理的銜接。營(yíng)業(yè)稅下實(shí)行建筑業(yè)項(xiàng)目管理制度，按項(xiàng)目登記建筑業(yè)工程，掌握建筑工程項(xiàng)目進(jìn)度，監(jiān)控建筑業(yè)項(xiàng)目申報(bào)納稅情況和發(fā)票開具情況。而增值稅管理以納稅人為主體，如果根據(jù)機(jī)構(gòu)所在地納稅的原則，需要由機(jī)構(gòu)所在地國(guó)稅機(jī)關(guān)建立覆蓋納稅人全部項(xiàng)目的監(jiān)控體系，這在一定程度上超出了目前增值稅“以票控稅”的管理能力范圍，稅務(wù)機(jī)關(guān)難以全部掌握異地工程信息，從而帶來新的發(fā)票虛開和稅源流失風(fēng)險(xiǎn)。