《土地增值稅清算管理規(guī)程》（以下簡稱規(guī)程）自2009年6月1日起施行。規(guī)程所稱土地增值稅清算，是指納稅人在符合土地增值稅清算條件后，依照稅收法律、法規(guī)及土地增值稅有關(guān)政策規(guī)定，計算房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目應(yīng)繳納的土地增值稅稅額，并填寫《土地增值稅清算申報表》，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提供有關(guān)資料，辦理土地增值稅清算手續(xù)，結(jié)清該房地產(chǎn)項(xiàng)目應(yīng)繳納土地增值稅稅款的行為。納稅人應(yīng)當(dāng)如實(shí)申報應(yīng)繳納的土地增值稅稅額，保證清算申報的真實(shí)性、準(zhǔn)確性和完整性。稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)為納稅人提供優(yōu)質(zhì)納稅服務(wù)，加強(qiáng)土地增值稅政策宣傳輔導(dǎo)。主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)及時對納稅人清算申報的收入、扣除項(xiàng)目金額、增值額、增值率以及稅款計算等情況進(jìn)行審核，依法征收土地增值稅。

　　規(guī)程規(guī)定，納稅人符合下列條件之一的，應(yīng)進(jìn)行土地增值稅的清算：一是房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目全部竣工、完成銷售的，二是整體轉(zhuǎn)讓未竣工決算房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目的，三是直接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的。

　　對符合以下條件之一的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可要求納稅人進(jìn)行土地增值稅清算：已竣工驗(yàn)收的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個項(xiàng)目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；取得銷售（預(yù)售）許可證滿3年仍未銷售完畢的；納稅人申請注銷稅務(wù)登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的。

　　對于符合本規(guī)程第九條規(guī)定，應(yīng)進(jìn)行土地增值稅清算的項(xiàng)目，納稅人應(yīng)當(dāng)在滿足條件之日起90日內(nèi)到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理清算手續(xù)。對于符合本規(guī)程第十條規(guī)定稅務(wù)機(jī)關(guān)可要求納稅人進(jìn)行土地增值稅清算的項(xiàng)目，由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)確定是否進(jìn)行清算；對于確定需要進(jìn)行清算的項(xiàng)目，由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)下達(dá)清算通知，納稅人應(yīng)當(dāng)在收到清算通知之日起90日內(nèi)辦理清算手續(xù)。

　　主管稅務(wù)機(jī)關(guān)收到納稅人清算資料后，對符合清算條件的項(xiàng)目，且報送的清算資料完備的，予以受理；對納稅人符合清算條件，但報送的清算資料不全的，應(yīng)要求納稅人在規(guī)定限期內(nèi)補(bǔ)報，納稅人在規(guī)定的期限內(nèi)補(bǔ)齊清算資料后，予以受理；對不符合清算條件的項(xiàng)目，不予受理。上述具體期限由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市稅務(wù)機(jī)關(guān)確定。主管稅務(wù)機(jī)關(guān)已受理的清算申請，納稅人無正當(dāng)理由不得撤消。

　　主管稅務(wù)機(jī)關(guān)按照本規(guī)程第六條進(jìn)行項(xiàng)目管理時，對符合稅務(wù)機(jī)關(guān)可要求納稅人進(jìn)行清算情形的，應(yīng)當(dāng)做出評估，并經(jīng)分管領(lǐng)導(dǎo)批準(zhǔn)，確定何時要求納稅人進(jìn)行清算的時間。對確定暫不通知清算的，應(yīng)繼續(xù)做好項(xiàng)目管理，每年做出評估，及時確定清算時間并通知納稅人辦理清算。主管稅務(wù)機(jī)關(guān)受理納稅人清算資料后，應(yīng)在一定期限內(nèi)及時組織清算審核。具體期限由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市稅務(wù)機(jī)關(guān)確定。

　　清算審核包括案頭審核、實(shí)地審核。案頭審核是指對納稅人報送的清算資料進(jìn)行數(shù)據(jù)、邏輯審核，重點(diǎn)審核項(xiàng)目歸集的一致性、數(shù)據(jù)計算準(zhǔn)確性等。實(shí)地審核是指在案頭審核的基礎(chǔ)上，通過對房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目實(shí)地查驗(yàn)等方式，對納稅人申報情況的客觀性、真實(shí)性、合理性進(jìn)行審核。在清算審核時，應(yīng)審核房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目是否以國家有關(guān)部門審批、備案的項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算；對于分期開發(fā)的項(xiàng)目，是否以分期項(xiàng)目為單位清算；對不同類型房地產(chǎn)是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。在審核收入情況時，應(yīng)結(jié)合銷售發(fā)票、銷售合同（含房管部門網(wǎng)上備案登記資料）、商品房銷售（預(yù)售）許可證、房產(chǎn)銷售分戶明細(xì)表及其他有關(guān)資料，重點(diǎn)審核銷售明細(xì)表、房地產(chǎn)銷售面積與項(xiàng)目可售面積的數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)性，以核實(shí)計稅收入；對銷售合同所載商品房面積與有關(guān)部門實(shí)際測量面積不一致，而發(fā)生補(bǔ)、退房款的收入調(diào)整情況進(jìn)行審核；對銷售價格進(jìn)行評估，審核有無價格明顯偏低情況。

　　關(guān)于非直接銷售和自用房地產(chǎn)的收入確定，規(guī)程規(guī)定：一是房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)將開發(fā)產(chǎn)品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務(wù)、換取其他單位和個人的非貨幣性資產(chǎn)等，發(fā)生所有權(quán)轉(zhuǎn)移時應(yīng)視同銷售房地產(chǎn),其收入按下列方法和順序確認(rèn)：按本企業(yè)在同一地區(qū)、同一年度銷售的同類房地產(chǎn)的平均價格確定；由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)參照當(dāng)?shù)禺?dāng)年、同類房地產(chǎn)的市場價格或評估價值確定。二是房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)將開發(fā)的部分房地產(chǎn)轉(zhuǎn)為企業(yè)自用或用于出租等商業(yè)用途時，如果產(chǎn)權(quán)未發(fā)生轉(zhuǎn)移，不征收土地增值稅，在稅款清算時不列收入，不扣除相應(yīng)的成本和費(fèi)用。

　　土地增值稅扣除項(xiàng)目審核的內(nèi)容包括：取得土地使用權(quán)所支付的金額；房地產(chǎn)開發(fā)成本，包括：土地征用及拆遷補(bǔ)償費(fèi)、前期工程費(fèi)、建筑安裝工程費(fèi)、基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)、公共配套設(shè)施費(fèi)、開發(fā)間接費(fèi)用；房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用；與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金；國家規(guī)定的其他扣除項(xiàng)目。

　　審核取得土地使用權(quán)支付金額和土地征用及拆遷補(bǔ)償費(fèi)時應(yīng)當(dāng)重點(diǎn)關(guān)注：同一宗土地有多個開發(fā)項(xiàng)目，是否予以分?jǐn)偅�分�(jǐn)傓k法是否合理、合規(guī)，具體金額的計算是否正確。是否存在將房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用記入取得土地使用權(quán)支付金額以及土地征用及拆遷補(bǔ)償費(fèi)的情形。拆遷補(bǔ)償費(fèi)是否實(shí)際發(fā)生，尤其是支付給個人的拆遷補(bǔ)償款、拆遷（回遷）合同和簽收花名冊或簽收憑證是否一一對應(yīng)。

　　審核前期工程費(fèi)、基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)時應(yīng)當(dāng)重點(diǎn)關(guān)注：前期工程費(fèi)、基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)是否真實(shí)發(fā)生，是否存在虛列情形。是否將房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用記入前期工程費(fèi)、基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)。多個（或分期）項(xiàng)目共同發(fā)生的前期工程費(fèi)、基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)，是否按項(xiàng)目合理分?jǐn)偂?

　　審核公共配套設(shè)施費(fèi)時應(yīng)當(dāng)重點(diǎn)關(guān)注：公共配套設(shè)施的界定是否準(zhǔn)確，公共配套設(shè)施費(fèi)是否真實(shí)發(fā)生，有無預(yù)提的公共配套設(shè)施費(fèi)情況；是否將房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用記入公共配套設(shè)施費(fèi)；多個（或分期）項(xiàng)目共同發(fā)生的公共配套設(shè)施費(fèi)，是否按項(xiàng)目合理分?jǐn)偂?

　　審核建筑安裝工程費(fèi)時應(yīng)當(dāng)重點(diǎn)關(guān)注：發(fā)生的費(fèi)用是否與決算報告、審計報告、工程結(jié)算報告、工程施工合同記載的內(nèi)容相符。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)自購建筑材料時，自購建材費(fèi)用是否重復(fù)計算扣除項(xiàng)目。參照當(dāng)?shù)禺?dāng)期同類開發(fā)項(xiàng)目單位平均建安成本或當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)部門公布的單位定額成本，驗(yàn)證建筑安裝工程費(fèi)支出是否存在異常。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)采用自營方式自行施工建設(shè)的，還應(yīng)當(dāng)關(guān)注有無虛列、多列施工人工費(fèi)、材料費(fèi)、機(jī)械使用費(fèi)等情況。建筑安裝發(fā)票是否在項(xiàng)目所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)開具。

　　審核開發(fā)間接費(fèi)用時應(yīng)當(dāng)重點(diǎn)關(guān)注：是否存在將企業(yè)行政管理部門（總部）為組織和管理生產(chǎn)經(jīng)營活動而發(fā)生的管理費(fèi)用記入開發(fā)間接費(fèi)用的情形。開發(fā)間接費(fèi)用是否真實(shí)發(fā)生，有無預(yù)提開發(fā)間接費(fèi)用的情況，取得的憑證是否合法有效。

　　審核利息支出時應(yīng)當(dāng)重點(diǎn)關(guān)注：是否將利息支出從房地產(chǎn)開發(fā)成本中調(diào)整至開發(fā)費(fèi)用；分期開發(fā)項(xiàng)目或者同時開發(fā)多個項(xiàng)目的，其取得的一般性貸款的利息支出，是否按照項(xiàng)目合理分?jǐn)�；利用閑置專項(xiàng)借款對外投資取得收益，其收益是否沖減利息支出。

　　在審核收入和扣除項(xiàng)目時，應(yīng)重點(diǎn)關(guān)注關(guān)聯(lián)企業(yè)交易是否按照公允價值和營業(yè)常規(guī)進(jìn)行業(yè)務(wù)往來。應(yīng)當(dāng)關(guān)注企業(yè)大額應(yīng)付款余額，審核交易行為是否真實(shí)。對納稅人委托中介機(jī)構(gòu)審核鑒證的清算項(xiàng)目，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)未采信或部分未采信鑒證報告的，應(yīng)當(dāng)告知其理由。

　　在土地增值稅清算過程中，發(fā)現(xiàn)納稅人符合核定征收條件的，應(yīng)按核定征收方式對房地產(chǎn)項(xiàng)目進(jìn)行清算。符合核定征收條件的，由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)發(fā)出核定征收的稅務(wù)事項(xiàng)告知書后，稅務(wù)人員對房地產(chǎn)項(xiàng)目開展土地增值稅核定征收核查，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核合議，通知納稅人申報繳納應(yīng)補(bǔ)繳稅款或辦理退稅。