國家稅務(wù)總局發(fā)布的《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2012年第57號），對《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2008〕28號，以下簡稱28號文件）進行了修訂和完善， 主要變化體現(xiàn)在四個方面：

一是明確了總分機構(gòu)參與匯算清繳稅款的分配原則。根據(jù)28號文件，分支機構(gòu)不參加匯算清繳，補稅和退稅都與分支機構(gòu)無關(guān)；而根據(jù)57號公告，分支機構(gòu)參加匯算清繳，補稅額和退稅額分別按照稅款分攤比例在總機構(gòu)和分支機構(gòu)之間進行，改變了分支機構(gòu)僅承擔(dān)預(yù)繳義務(wù)的做法，稅款的分配更趨合理。

二是明確了總分機構(gòu)查補稅款就地入庫問題，突破了就地監(jiān)管的政策瓶頸。在28號文件規(guī)定下，由于沒有賦予分支機構(gòu)所在地稅務(wù)機關(guān)相應(yīng)的檢查權(quán)而使其監(jiān)管處于“看得見而管不著”的狀態(tài)。57號公告明確了分支機構(gòu)所在地稅務(wù)機關(guān)可以單獨對該分支機構(gòu)進行稅務(wù)檢查，查補的稅款50%由總機構(gòu)入庫，50%在查補出稅款的分支機構(gòu)所在地入庫。地方稅收利益的驅(qū)動和稅務(wù)檢查權(quán)的明確，將在很大程度上調(diào)動二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)的稅收管理積極性，賦予其更大的動力以加大管理力度。

三是明確了分支機構(gòu)“三因素”的內(nèi)涵且統(tǒng)一了所屬區(qū)間。采用會計準則的表述和口徑，將“三因素”中的“經(jīng)營收入”改為“營業(yè)收入”，“職工工資”調(diào)整為“職工薪酬”，對“資產(chǎn)總額”的解釋不再排除無形資產(chǎn)；“三因素”的所屬區(qū)間統(tǒng)一為上年度，不再區(qū)分上上年度和上年度，提高了“三因素”的確定性，減少了總分支機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)之間的分歧。

四是明確了二級分支機構(gòu)的定義，即匯總納稅企業(yè)依法設(shè)立并領(lǐng)取非法人營業(yè)執(zhí)照（登記證書），且總機構(gòu)對其財務(wù)、業(yè)務(wù)、人員等直接進行統(tǒng)一核算和管理的分支機構(gòu)。彌補了28號文件只對總機構(gòu)定義而沒有對二級分支機構(gòu)定義的缺失，為實際征管提供了原則性的參考。