根據(jù)《國家稅務總局關于印發(fā)<跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）第十條及第十一條規(guī)定，匯總納稅企業(yè)應當自年度終了之日起5個月內(nèi)，由總機構匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照本辦法規(guī)定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。

　　匯總納稅企業(yè)在納稅年度內(nèi)預繳企業(yè)所得稅稅款少于全年應繳企業(yè)所得稅稅款的，應在匯算清繳期內(nèi)由總、分機構分別結清應繳的企業(yè)所得稅稅款；預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關應及時按有關規(guī)定分別辦理退稅，或者經(jīng)總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業(yè)所得稅稅款。

　　匯總納稅企業(yè)匯算清繳時，總機構除報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表和年度財務報表外，還應報送匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表、各分支機構的年度財務報表和各分支機構參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明；分支機構除報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表（只填列部分項目）外，還應報送經(jīng)總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表、分支機構的年度財務報表（或年度財務狀況和營業(yè)收支情況）和分支機構參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明。

　　分支機構參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明，可參照企業(yè)所得稅年度納稅申報表附表“納稅調(diào)整項目明細表”中列明的項目進行說明，涉及需由總機構統(tǒng)一計算調(diào)整的項目不進行說明。

　　因此，從2013年起，匯總繳納企業(yè)所得稅的分支機構也要按上述規(guī)定進行企業(yè)所得稅匯算清繳。