中央《分類推進事業(yè)單位改革實施指導意見》的下發(fā)，標志著事業(yè)單位改革走上了快車道。有經營收入的事業(yè)單位將被逐步推向市場。在審計中，發(fā)現由于缺乏明確的管理監(jiān)督制度，企業(yè)化管理的事業(yè)單位財務管理在監(jiān)管方面存在職能模糊、空白地帶。比如，編制會計決算報表，給財政和稅務部門編制兩樣報表，給財政報表只是財政撥款那部分，給稅務部門的報表只是經營部分。對一個單位而言財政管一半，稅務管一半，這樣長期下去便形成無人管的局面。

　　究其主要原因，一是事業(yè)單位性質，仍然按事業(yè)單位核算；二是仍承擔部分社會管理或公共職能；三是資產歸政府所有，沒有真正劃轉給企業(yè)；四是只是形式上采用企業(yè)化管理機制。

　　因此，對這類單位的管理監(jiān)督涉及主管、財政、稅務等部門，應明確監(jiān)管部門及其職能，按照國家所有、分級管理、授權經營、分工監(jiān)管的原則，明確監(jiān)管職能：

　　一是財政部門根據職權，負責國有資本與財務管理；二是國資委和主管部門負責本部門所屬單位的國有資本與財務管理；三是單位應當執(zhí)行企業(yè)會計制度，制定各項成本、費用的消耗定額，編制各項經營管理費用預算，建立健全各項原始記錄及相關的稽核制度，建立有效的內部控制制度。大宗原輔材料或商品物資的采購、固定資產的購建和工程建設一般應當按照公開、公正、公平的原則，采取招標方式進行。按照國家有關國有資本與財務管理的規(guī)章制度，承擔國有資本保值增值的責任；四是財政、國資委、稅務機關負責對經營活動和財務管理進行監(jiān)督檢查。

　　對企業(yè)化管理的事業(yè)單位的監(jiān)管是一個復雜系統(tǒng)過程，需要相關部門的相互配合，建議有關部門出臺相關管理辦法，以降低企業(yè)化管理事業(yè)單位的經營風險，保證國有資本的安全增值，推進事業(yè)單位改革順利進行。