電算化會計實行的是電子檔案與紙質(zhì)檔案并行的雙套制管理。所謂紙質(zhì)檔案指的是計算機打印出來的書面形式的會計資料及其所附的原始憑證。對它們的管理，主要是參照傳統(tǒng)會計的檔案管理方法進行，同時也要根據(jù)計算機的特點，注意其管理的規(guī)范性。
對于計算機打印輸出的書面檔案，在電算化會計系統(tǒng)中應(yīng)設(shè)置控制機制，實行輸出檔案在機內(nèi)的自動連續(xù)編號，以便于從總體上把握書面輸出的文檔。此外，還應(yīng)制定輸出檔案的內(nèi)容、件數(shù)、保管人和使用人的登記制度，操作時嚴格按照制度規(guī)定進行記錄，打印出的紙質(zhì)檔案經(jīng)審核人員核對以后，應(yīng)加蓋制單人員、審核人員、記賬人員及會計機構(gòu)負責(zé)人的印章或者簽字，以明確責(zé)任，保證檔案的法律效力。這樣，將責(zé)任落實到人，在一定程度上能有效地保障輸出紙質(zhì)檔案的安全可靠。
還應(yīng)指出，在紙質(zhì)檔案和電子檔案的雙套制管理體制下，無論哪一種形式的保管體系，均應(yīng)注明另一種形式的相關(guān)信息。如在紙質(zhì)檔案的備考表或卷內(nèi)目錄“備注”中注明相對應(yīng)的電子檔案的檔號及存址，以便利用時相互對照。
