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綜合所得年度自行申報是指，在每年的綜合所得年度內(nèi)，納稅人自行申報應納稅的綜合所得額，并按照法定的稅率計算應納稅額，然后進行納稅繳款。 通過扣繳義務人申報是指，納稅人由于工作發(fā)生變動或個人發(fā)出的工資收入較少，可以委托扣繳義務人，由扣繳義務人按照規(guī)定的稅率和金額，代為繳納個人綜合所得稅。 從上面的說明來看，自行申報和由扣繳義務人申報主要的區(qū)別是，納稅人自行申報只能納稅人自行繳納，而由扣繳義務人申報可以由稅務機關認可的機構代為繳納。