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工資計算軟件可以通過以下步驟自動計算加班工資：
1. 在工資計算軟件中設置加班工資的計算規(guī)則，包括加班工資的計算方式、加班時間的計算方法、加班工資的稅前稅后計算等。
2. 當員工加班時，工資計算軟件可以根據員工的加班時間和加班工資的計算規(guī)則自動計算加班工資。
3. 工資計算軟件可以自動生成員工的工資明細表，包括加班工資的詳細信息，如加班時間、加班工資、稅前稅后計算等。
4. 工資計算軟件還可以生成員工的工資單和報表，方便管理人員查看員工的工資情況。

需要注意的是，工資計算軟件的設置和使用需要根據公司的實際情況和政策法規(guī)進行調整和更新，以確保計算結果的準確性和合法性。