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建筑施工企業(yè)在處理工程款的收入確認時，應根據(jù)《企業(yè)會計準則》第15號——收入的確認，以及《建筑施工企業(yè)會計制度》的規(guī)定進行處理。

具體操作如下：
1. 確定收入確認時點
建筑施工企業(yè)應在滿足以下條件之一時確認工程款收入：
（1）已將工程完工，且客戶已驗收合格；
（2）工程已完工，但客戶未驗收合格，企業(yè)已收到相應款項或可收回的債權；
（3）工程未完工，但已有相關證據(jù)表明企業(yè)已完成了工程的主要部分，且能夠合理確定工程款的收入金額和收入的實現(xiàn)程度。
2. 確定收入金額

建筑施工企業(yè)應按照合同約定的價格計算工程款收入，如合同約定不明確，應根據(jù)實際履約情況，結合市場價格和成本情況，合理確定工程款的收入金額。
3. 確定收入的實現(xiàn)程度
建筑施工企業(yè)應根據(jù)工程進度和實際履約情況，合理確定工程款的收入實現(xiàn)程度。一般情況下，可以采用以下方法進行確定：
（1）百分比完工法：根據(jù)工程進度百分比，按比例確認工程款收入；
（2）工程量計量法：根據(jù)完成的工程量計算工程款收入；
（3）實際成本法：根據(jù)實際成本計算工程款收入。
4. 記賬處理

建筑施工企業(yè)應按照收入確認時點和收入金額，將工程款收入計入當期營業(yè)收入，并同時確認相應的成本和費用，計算當期的凈利潤。同時，應按照合同約定或實際履約情況，計提壞賬準備和質保金等相關費用。