開發(fā)企業(yè)與施工企業(yè)在工程承包合同中規(guī)定的工程價款的結(jié)算，應(yīng)根據(jù)國家有關(guān)工程價款結(jié)算辦法，結(jié)合當?shù)氐挠嘘P(guān)規(guī)定具體確定。從目前各個地區(qū)所采用的工程價款結(jié)算辦法來看，歸納起來，主要有如下三種。
1、按月結(jié)算就是按照每月實際完成的分部分項工程進行結(jié)算。因為建筑安裝工程等雖具有個體性的特點，但不同的工程，都是由一定的分部分項工程構(gòu)成的。每一個分部分項工程，都有一定的施工內(nèi)容、質(zhì)量標準和統(tǒng)一的計量單位，并在短期內(nèi)可以完成。國家為了管理工程造價而制定的工程預算定額和地區(qū)預算造價，都是以分部分項工程為基礎(chǔ)的。因此，根據(jù)驗收合格的各月份的已完分部分項工程的工程數(shù)量和預算單價等計算的工程造價，就是各該月份應(yīng)結(jié)算和支付的工程款。如果招標發(fā)包工程，工程標價與工程造價不同時，應(yīng)按工程標價占工程預算造價的百分比進行調(diào)整計算。在具體做法上，各個地區(qū)也不盡相同，目前一般都實行月中預付、月終結(jié)算，即在月中按照當月施工計劃所列的工作量一半預付，月末（實際為下月初）按照各工程當月實際完成工作量（即預算造價或調(diào)整計算后的工程標價）扣除月中預付款后進行結(jié)算。
2、分段結(jié)算就是將一個單位工程按形象進度劃分為幾個階段（部位），如基礎(chǔ)、結(jié)構(gòu)、裝飾、竣工等；按照完成階段，分段驗收結(jié)算工程價款。分段結(jié)算也可按月預付工程款，即在月中按照當月施工計劃工作量預付，于工程階段完成驗收后按分段工程預算造價或調(diào)整計算后的工程標價扣除預付款后進行結(jié)算。
3、竣工一次結(jié)算開發(fā)項目或單項工程施工工期在12個月以內(nèi)，或者工程承包合同價值較小的，可以實行工程價款每月月中預支、竣工后一次結(jié)算。即在工程開工后，每月按當月施工計劃所列工作量預付工程款，于工程竣工驗收后按工程承包合同價值扣除預付工程款后進行結(jié)算。
不論采用何種結(jié)算辦法，施工期間結(jié)算的工程價款一般都不得超過承包工程合同價值的95%.結(jié)算雙方可以在5%的幅度內(nèi)協(xié)商確認尾款比例，并在工程承包合同中訂明。尾款應(yīng)專戶存入銀行，俟工程竣工驗收后清算。但如承包施工企業(yè)已向開發(fā)企業(yè)出具履約保函或有其他保證的，可以不留工程尾款。
又由承包施工企業(yè)在開工前儲備工程施工所需主要建筑材料、結(jié)構(gòu)件的，發(fā)包開發(fā)企業(yè)可根據(jù)承包施工企業(yè)的要求，在簽訂工程承包合同后按年度發(fā)包工程總值的一定比例向承包施工企業(yè)預付備料款，于后期以抵充工程價款的形式陸續(xù)扣回。
在實際工作中，預付備料款的額度和扣回辦法，在各個地區(qū)并不完全相同，當材料儲備天數(shù)為4個月、材料費比重占工程造價75%的情況下，預付備料款的額度應(yīng)為當年工程價值的25%.在累計已完工程價值達到當年發(fā)包工程價值的50%時，就可將超過發(fā)包工程價值50%部分的工程價款的50%，抵作預付備料款扣回。這樣，到工程完工，扣回相當于發(fā)包工程價值25%（50%×50%）的全部預付備料款。不過隨著生產(chǎn)資料的開放，施工所需的建筑材料、結(jié)構(gòu)件，一般均可從當?shù)厥袌鲭S時采購，今后也就沒有必要再預付備料款了。