在調查中統(tǒng)計部門發(fā)現(xiàn)，稅費改革前農業(yè)稅按地征收，統(tǒng)籌提留按人征收，現(xiàn)在這兩項一律按地征收，影響農民負擔的因素由人口向土地轉移，出現(xiàn)了新的稅負不公。
表現(xiàn)之一是，富裕地區(qū)與貧困地區(qū)減負幅度不均。由于區(qū)域之間經濟發(fā)展水平不均衡，農民收入也存在不同程度的差異。經濟落后地區(qū)的農民一般都以農業(yè)生產為主，基礎設施落后，生產、生活條件差，收入水平低。而富裕地區(qū)多是農業(yè)生產條件相對較好、產業(yè)化程度較高，或是具有區(qū)位優(yōu)勢的城郊地帶，不論是純農戶還是從事非農產業(yè)的農戶，收入都相對較高。改革前，貧困地區(qū)的稅負普遍低于富裕地區(qū)；改革后，由于富裕地區(qū)的降負空間大，負擔降低的幅度遠遠大于貧困地區(qū)，獲得財政轉移支付的數(shù)額也較大。如經濟較發(fā)達的成都市新都區(qū)，農業(yè)人口45.39萬，2002年獲財政轉移支付2070萬元，平均每個鄉(xiāng)鎮(zhèn)所獲得的財政轉移支付達121.76萬元。而四川省宣漢縣作為國家級貧困縣，農業(yè)人口總數(shù)達97.84萬，2002年獲財政轉移支付4404萬元，平均每個鄉(xiāng)鎮(zhèn)獲得財政轉移支付60.33萬元，兩者相差1倍左右。統(tǒng)計部門擔心，經濟發(fā)達地區(qū)和貧困地區(qū)之間發(fā)展差距有可能進一步拉大。
表現(xiàn)之二是，從事農業(yè)生產的農民和從事非農產業(yè)的農民負擔不均。由于稅費改革方案中以土地為計稅依據，承包土地的多少決定了農民的負擔情況，形成了人少地多的農民負擔重，而人多地少的農民負擔相對較輕；純農戶、種田大戶的負擔較以前加重，從事非農產業(yè)的農民負擔減輕。以種地為主的農民不僅要承擔農業(yè)稅，而且要負擔村組“一事一議”集資；而未承包土地的農民只負擔村組集資，卻可以與前者享受均等的農村公共產品，導致了農民之間權利和義務的不對等。這種負擔差異不僅影響了農民種田的積極性，也會造成部分農民心理不平衡。
表現(xiàn)之三是，計稅依據不準確導致負擔不均。改革方案中規(guī)定，農民承包土地從事農業(yè)生產的，計稅土地原則上以農民二輪承包用于農業(yè)生產的土地為基礎確定。但是二輪承包面積存在不準確的情況較為普遍，例如有些地方土地承包工作沒有落實到戶，個別地區(qū)測算口徑不一致，這都導致了農民負擔不均。一方面因開荒、復墾等增加的耕地沒有納入計稅面積，造成有地無稅；另一方面因退耕還林、建設項目占地、小城鎮(zhèn)開發(fā)建設、水毀等因素使得耕地減少，卻沒有及時調整計稅面積，造成有稅無地。
統(tǒng)計部門在調查中還發(fā)現(xiàn)，農業(yè)稅計稅要素問題較多。目前，普遍存在的問題是農業(yè)稅計稅面積難以核實。根據規(guī)定，農業(yè)稅計稅面積要嚴格以二輪承包面積為依據，以保持二輪土地承包的嚴肅性和穩(wěn)定性。但是很多試點地區(qū)都出現(xiàn)了計稅面積與實際數(shù)不符的情況。如果重新丈量土地，等于事實上否定了二輪承包合同的法律效力，對穩(wěn)定土地承包不利。如四川省渠縣稅改前計稅面積96.4萬畝，在稅改中落實的計稅面積是88.25萬畝，盡管減少了8萬多畝，但自執(zhí)行新的農業(yè)稅征收辦法以來，一部分農戶仍然反映面積不實。計稅面積不準確的主要原因包括：二輪承包不完善形成的歷史遺留問題；興建水利占地，農戶建房批少占多，水毀耕地沒有及時上報核減；大量的退耕還林（草）用地仍作為計稅面積征收農業(yè)稅。
統(tǒng)計部門認為，我國農村自然與經濟條件差異較大，地區(qū)之間經濟發(fā)展不平衡，在堅持大政策基本統(tǒng)一的前提下，應允許各地制定不同的進一步深化農村稅費改革的具體辦法，解決試點工作之后仍然存在的稅負不公、計稅不準等問題，進一步完善定畝、定產、定價、定稅等方面的一整套制度辦法，使地區(qū)之間、農民之間的稅負大體趨于合理。
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