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1.系統(tǒng)初始化設(shè)置工作有差異。手工會計(jì)的初始化工作包括建立會計(jì)科目，開設(shè)總賬，登錄余額等；會計(jì)電算化的初始化設(shè)置工作則較為復(fù)雜。 2.科目的設(shè)置和使用上存在差異。在手工會計(jì)中，將賬戶分設(shè)為總賬和明細(xì)賬，明細(xì)賬大多僅設(shè)到三級賬戶；科目的設(shè)置和使用一般都僅為中文科目。而在會計(jì)電算化中，有的財(cái)務(wù)軟件將科目的級數(shù)設(shè)置到6級以上，除設(shè)置中文科目外，還設(shè)置與之對應(yīng)的科目代碼，但在顯示打印時(shí)，一般都將中文科目和與之對應(yīng)的科目代碼同時(shí)顯示。 3.賬務(wù)處理程序上存在差異。手工會計(jì)采用不同的會計(jì)核算形式，常用的有記賬憑證核算形式、科目匯總表核算形式、匯總記賬憑證核算形式、日記賬核算形式等.而在會計(jì)電算化中常用的是日記賬文件核算形式和憑證文件核算形式. 4.賬簿格式存在差異。在手工會計(jì)中，賬簿的格式分為訂本式、活頁式和卡片式三種,現(xiàn)金日記賬、銀行存款日記賬和總賬必須采用訂本式賬簿。而在計(jì)算機(jī)會計(jì)系統(tǒng)中,由于受到打印機(jī)的條件限制,不太可能打印出訂本式賬簿。