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你好！合作社開具的免稅發(fā)票可以抵扣。增值稅一般納稅人從農(nóng)民專業(yè)合作社購進的免稅農(nóng)業(yè)產(chǎn)品，以農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票或收購發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和13%或11%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。 法律依據(jù)： 《農(nóng)業(yè)部對十二屆全國人大五次會議第7868號建議的答復(fù)》第二條 在增值稅方面，對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售的自產(chǎn)農(nóng)業(yè)產(chǎn)品免征增值稅；對農(nóng)民專業(yè)合作社銷售本社成員生產(chǎn)的農(nóng)業(yè)產(chǎn)品，視同農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售自產(chǎn)農(nóng)業(yè)產(chǎn)品，免征增值稅。在企業(yè)所得稅方面，對企業(yè)從事農(nóng)、林、牧、漁業(yè)項目的所得，包括農(nóng)林產(chǎn)品種植業(yè)、養(yǎng)殖業(yè)、遠洋捕撈、農(nóng)產(chǎn)品初加工等農(nóng)、林、牧、漁服務(wù)業(yè)項目的所得免稅；對企業(yè)從事花卉、茶等飲料、香料作物的種植、海水養(yǎng)殖、內(nèi)陸?zhàn)B殖等項目的所得，減半征稅。在印花稅方面，對農(nóng)民專業(yè)合作社與本社成員簽訂的農(nóng)業(yè)產(chǎn)品和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)資料購銷合同免征印花稅。