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對于您提到的運(yùn)輸費用結(jié)算方式，合同可以約定燃料費由您公司承擔(dān)，并在運(yùn)費結(jié)算時從總價款中扣除。然而，關(guān)于稅務(wù)方面，特別是小規(guī)模納稅人開具發(fā)票的問題，需要遵循相關(guān)稅法規(guī)定。 根據(jù)《貨物運(yùn)輸業(yè)小規(guī)模納稅人申請代開專用發(fā)票管理辦法》，小規(guī)模納稅人在境內(nèi)提供公路或內(nèi)河貨物運(yùn)輸服務(wù)，需要開具專用發(fā)票的，可以在稅務(wù)登記地、貨物起運(yùn)地、貨物到達(dá)地或運(yùn)輸業(yè)務(wù)承攬地中任何一地，就近向稅務(wù)機(jī)關(guān)申請代開專用發(fā)票。這意味著對方作為小規(guī)模納稅人，確實可以為您開具運(yùn)輸費用的專用發(fā)票。 注意以下幾點： 1.扣除的燃油費需要在合同中明確，并且雙方應(yīng)就這部分費用的實際支付和核算方式達(dá)成一致。 2.在進(jìn)行運(yùn)費結(jié)算時，確保結(jié)算方式符合雙方的約定，并且遵循相關(guān)的會計準(zhǔn)則和稅法規(guī)定。 3.對方開具的運(yùn)輸費用發(fā)票應(yīng)符合稅務(wù)要求，并且發(fā)票上的金額應(yīng)與實際結(jié)算金額相符。