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對(duì)于跨區(qū)域項(xiàng)目，如果當(dāng)期在項(xiàng)目所在地未預(yù)繳增值稅，而公司全額繳納了稅款，后期可能會(huì)受到處罰。根據(jù)《中國(guó)稅收法》第五十三條，非居民企業(yè)應(yīng)當(dāng)在取得與稅務(wù)機(jī)關(guān)簽訂的定額繳納義務(wù)之前，向稅務(wù)機(jī)關(guān)提出申請(qǐng)，按照月度預(yù)繳增值稅，并將每月應(yīng)繳稅款匯入國(guó)家預(yù)算。若是沒(méi)有按照規(guī)定進(jìn)行預(yù)繳，將受到處罰。根據(jù)《中華人民共和國(guó)行政處罰法》，企業(yè)違反稅收管理規(guī)定的，稅務(wù)機(jī)關(guān)可以在繳清欠稅后，根據(jù)本法第四十六條的規(guī)定，對(duì)該企業(yè)處以警告或者罰款，并處以每月超出預(yù)繳稅額三倍以上五倍以下的罰款。此外，對(duì)于有特別嚴(yán)重情節(jié)的，還可以按照《中華人民共和國(guó)稅收征收管理法》第一百二十一條的規(guī)定，將其處以沒(méi)收違約金或者暫扣其財(cái)產(chǎn)，直至全額支付責(zé)任人應(yīng)繳稅款的額度。 如果要更正申報(bào)，可以向稅務(wù)機(jī)關(guān)申請(qǐng)辦理退稅或抵扣稅款。