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跨區(qū)域繳稅后，可以回公司抵扣的稅種有：增值稅、企業(yè)所得稅、個人所得稅、印花稅、土地增值稅和營業(yè)稅等。其中，增值稅抵扣方式主要有兩種，一種是抵扣方法，即憑抵扣發(fā)票，公司在當期銷售收入及其他應項稅額中減去抵扣稅額；另一種是轉型抵扣，即進項稅額可以直接抵扣銷項稅額，以減少應付稅款額。企業(yè)所得稅抵扣方式主要有：結構調整抵扣、融資抵扣、技術推廣費抵扣、彌補虧損抵扣等；個人所得稅抵扣主要有：住房貸款抵扣、住房租金抵扣、子女教育抵扣、大病醫(yī)療抵扣、意外傷害抵扣等；印花稅抵扣主要有企業(yè)抵扣和個人抵扣；土地增值稅抵扣只能實施抵扣方式；營業(yè)稅抵扣只能實施抵扣方式。 拓展知識：對于納稅人而言，在付稅手續(xù)上，可以采取跨區(qū)域繳稅或代征稅收，跨區(qū)域繳稅是指稅務機關按照法律、法規(guī)和規(guī)章，在本稅務機關管轄的范圍內，將所征稅收繳納到其他稅務機關管轄的范圍內。而代征稅收是指一個稅務機關按照法律、法規(guī)和規(guī)章，將自己管轄的稅收代征到另一個稅務機關管轄的范圍內。通過跨區(qū)域繳稅和代征稅收的機制，可以使企業(yè)納稅規(guī)范化，縮短稅收處理時間，提高稅收征收效率，降低企業(yè)稅收負擔和融資成本，進一步促進經濟社會發(fā)展。