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根據(jù)《增值稅暫行條例》，企業(yè)應(yīng)納稅額合計超過稅務(wù)機關(guān)核定的本期免稅額的，應(yīng)減去本期免稅額，計算應(yīng)納稅額，并繳納相應(yīng)稅款。 在此情況下，應(yīng)該按照《增值稅暫行條例》規(guī)定，該企業(yè)應(yīng)當(dāng)繳納本期增值稅期末留底稅款5萬元，不繳納增值稅附加稅。此外，按照《增值稅暫行條例》規(guī)定，當(dāng)期應(yīng)納稅額與本期免稅額的差值小于本期增值稅期末留底稅款時，系統(tǒng)復(fù)核后，應(yīng)有退稅額會變成0，所以上述情況下，應(yīng)退稅額被抹去，變成0元。 拓展知識： 《增值稅暫行條例》規(guī)定，本期增值稅期末留底稅款是指，企業(yè)當(dāng)期計算的應(yīng)納稅額與免稅額的差額，系統(tǒng)計算后報送給稅務(wù)機關(guān)報扣稅款，以此確保企業(yè)合理完繳納稅款。期末留底不可以抵扣下期應(yīng)納稅額，也不可以上報行業(yè)專項附加稅科目進行抵扣，需要企業(yè)本期完成繳納。