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分公司獨立核算和非獨立核算的區(qū)別在于會計處理方式的不同。分公司獨立核算是指企業(yè)以分支機構(gòu)的名義在特定地區(qū)開展生產(chǎn)經(jīng)營活動，在該分支機構(gòu)的賬簿中獨立核算，但其賬務(wù)處理仍由總部進行。此外，分支機構(gòu)合并統(tǒng)一繳納所得稅。 非獨立核算是指企業(yè)在某一特定地區(qū)開展經(jīng)營活動，但未使用分支機構(gòu)，此時所有經(jīng)營活動仍由總部負(fù)責(zé)，其賬務(wù)處理也由總部進行，但無需合并統(tǒng)一繳納稅款，而是由各分支機構(gòu)單獨繳納稅款。 至于跨市的獨立核算企業(yè)所得稅是否需要合并繳納，根據(jù)財政部關(guān)于企業(yè)所得稅的相關(guān)規(guī)定，跨地區(qū)的單一獨立核算企業(yè)，包括跨市的企業(yè)，需要合并繳納企業(yè)所得稅。 拓展知識：除了獨立核算與非獨立核算，還有一種稱為綜合核算的會計處理方式。綜合核算是指企業(yè)在某一特定地區(qū)開展經(jīng)營活動，但未設(shè)立分支機構(gòu)，此時的賬務(wù)處理則是在總公司的賬簿中綜合核算，即總公司將全部經(jīng)營活動的收入、支出、折舊等會計指標(biāo)全部進行統(tǒng)計，但不合并繳納所得稅。