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我公司是增值稅一般納稅人，主要從事有色金屬的加工、生產(chǎn)制造、銷售（含出口）業(yè)務(wù)，因財務(wù)人員工作失誤，2009年某月，將估價銷售的產(chǎn)品在次月未進行先沖回再調(diào)整，結(jié)果出現(xiàn)少計收入的問題，在今年國稅稽查部門檢查中發(fā)現(xiàn)，由此產(chǎn)生增值稅款100余萬元，目前我公司期末增值稅留抵稅額近2000萬元，請問此項檢查查補稅款能否抵頂現(xiàn)在的留抵？如果可以將查補稅款沖減留抵是否還要加處罰款？另外《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人將增值稅進項留抵稅額抵減查補稅款欠稅問題的批復(fù)國稅函[2005]169號》我公司是否適用？稽查部門能否可以依據(jù)上述文件精神將這項問題在稽查報告中反映出來？謝謝.