1.企業(yè)向職工發(fā)放的通訊補貼的個人所得稅問題。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于個人所得稅有關(guān)政策問題的通知》（國稅發(fā)〔1999〕58號）第二條規(guī)定，企業(yè)向職工發(fā)放的通訊補貼，扣除一定標準的公務(wù)費用后，按照“工資、薪金”所得項目計征個人所得稅。公務(wù)費用扣除標準由當(dāng)?shù)卣贫ǎ?u>如當(dāng)?shù)卣粗贫ü珓?wù)費用扣除標準，按通訊補貼全額的20%作為個人收入扣繳個人所得稅。
2.企業(yè)為職工繳付的補充醫(yī)療保險的個人所得稅問題。
根據(jù)《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于住房公積金醫(yī)療保險金、養(yǎng)老保險金征收個人所得稅問題的通知》（財稅字〔1997〕144號）規(guī)定，應(yīng)扣繳個人所得稅。如果企業(yè)委托保險公司單獨建賬，集中管理，未建立個人賬戶，應(yīng)按企業(yè)統(tǒng)一計提時所用的具體標準乘以每人每月工資總額計算個人每月應(yīng)得補充醫(yī)療保險，全額并入當(dāng)月工資扣繳個人所得稅。
3.企業(yè)為職工購買的人身意外險的個人所得稅問題。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于單位為員工支付有關(guān)保險繳納個人所得稅問題的批復(fù)》（國稅函〔2005〕318號）規(guī)定，企業(yè)為員工支付各項免稅之外的保險金，應(yīng)在企業(yè)向保險公司繳付時并入員工當(dāng)期的工資收入，按“工資、薪金所得”項目計征個人所得稅。
4.企業(yè)向職工發(fā)放交通補貼的個人所得稅問題。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于個人所得稅有關(guān)政策問題的通知》（國稅發(fā)〔1999〕58號）第二條規(guī)定，企業(yè)采用報銷私家車燃油費等方式向職工發(fā)放交通補貼的行為，扣除一定標準的公務(wù)費用后，按照“工資、薪金”所得項目計征個人所得稅。公務(wù)費用扣除標準由當(dāng)?shù)卣贫ǎ绠?dāng)?shù)卣粗贫ü珓?wù)費用扣除標準，按交通補貼全額的30%作為個人收入扣繳個人所得稅。
5.企業(yè)年金的個人所得稅問題。
根據(jù)《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于個人所得稅有關(guān)問題的批復(fù)》（財稅〔2005〕94號）規(guī)定，應(yīng)按企業(yè)統(tǒng)一計提年金時所用的具體標準乘以每人每月工資總額計算個人每月應(yīng)得年金，扣繳個人所得稅。
6.公司向解除勞動關(guān)系的人員支付一次性補償費的個人所得稅問題。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于行政機關(guān)應(yīng)扣未扣個人所得稅問題的批復(fù)》（國稅函〔2004〕1199號）規(guī)定，應(yīng)責(zé)成扣繳義務(wù)人向納稅人追繳稅款。
7.金融保險企業(yè)開展的以業(yè)務(wù)銷售附帶贈送個人實物的個人所得稅問題。
金融保險企業(yè)開展的以業(yè)務(wù)銷售附帶贈送個人實物的應(yīng)按規(guī)定扣繳個人所得稅。沒有贈送記錄明細，無法按人扣繳個人所得稅的，按合理比例統(tǒng)一扣繳個人所得稅。