1.金融機(jī)構(gòu)貸款利息收入逾期90天沖減收入的企業(yè)所得稅問題。
根據(jù)新《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第十八條規(guī)定，利息收入應(yīng)按照合同約定的債務(wù)人應(yīng)付利息的日期確認(rèn)收入的實(shí)現(xiàn)。新《企業(yè)所得稅法》實(shí)施后，《國家稅務(wù)總局關(guān)于金融保險(xiǎn)企業(yè)所得稅有關(guān)業(yè)務(wù)問題的通知》（國稅函〔2002〕960號）第一條規(guī)定已失效。即以下兩條有關(guān)“金融企業(yè)貸款利息收入的所得稅處理”失效：金融企業(yè)發(fā)放的貸款，應(yīng)按期計(jì)算利息并計(jì)入當(dāng)期應(yīng)納稅所得額。發(fā)放的貸款逾期（含展期，下同）90天尚未收回的，此前（含90天）發(fā)生的應(yīng)收未收利息應(yīng)按規(guī)定計(jì)入當(dāng)期應(yīng)納稅所得額；此后發(fā)生的應(yīng)收未收利息不計(jì)入當(dāng)期應(yīng)納稅所得額，待實(shí)際收回時(shí)再計(jì)入當(dāng)期應(yīng)納稅所得額。
金融企業(yè)已經(jīng)計(jì)入應(yīng)納稅所得額或已按規(guī)定繳納企業(yè)所得稅的應(yīng)收未收利息，如逾期90天（不含90天）仍未收回的，準(zhǔn)予沖減當(dāng)期的應(yīng)納稅所得額。
因此，金融機(jī)構(gòu)對2008年度貸款利息收入逾期90天沖減收入的，要進(jìn)行納稅調(diào)整。
2.保障成品油市場供應(yīng)財(cái)政補(bǔ)貼的涉稅處理。
為保障成品油市場供應(yīng)，國家對中國石油天然氣集團(tuán)公司所屬企業(yè)進(jìn)口原油、成品油和加工原油進(jìn)行財(cái)政補(bǔ)貼。進(jìn)口成品油企業(yè)包括中國石油天然氣股份有限公司華東銷售分公司、華南銷售分公司、東北銷售分公司、西北銷售分公司。對于為保障成品油市場供應(yīng)而給予的財(cái)政補(bǔ)貼應(yīng)根據(jù)《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于財(cái)政性資金、行政事業(yè)性收費(fèi)、政府性基金有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財(cái)稅〔2008〕151號）、《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于專項(xiàng)用途財(cái)政性資金有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財(cái)稅〔2009〕87號）的規(guī)定，重點(diǎn)復(fù)核上述財(cái)政補(bǔ)貼是否符合不征稅收入條件和補(bǔ)貼資金使用情況。不符合條件的補(bǔ)貼收入應(yīng)作為當(dāng)期收入征稅；符合條件的不征稅收入，其用于支出所形成的費(fèi)用，不得在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除，用于支出所形成的資產(chǎn)，其計(jì)算的折舊、攤銷不得在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除。
3.企業(yè)職工報(bào)銷私家車燃油費(fèi)的企業(yè)所得稅處理。
2008年1月1日（不含）以前，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后相關(guān)費(fèi)用稅前扣除問題的批復(fù)》（國稅函〔2007〕305號）規(guī)定，企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后，在規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)內(nèi)，為員工報(bào)銷的油料費(fèi)、過路費(fèi)、停車費(fèi)、洗車費(fèi)、修理費(fèi)和保險(xiǎn)費(fèi)等相關(guān)費(fèi)用以及以現(xiàn)金或?qū)嵨镄问桨l(fā)放的交通補(bǔ)貼，均屬于企事業(yè)單位的工資、薪金支出，應(yīng)一律計(jì)入企事業(yè)單位的工資總額，按照現(xiàn)行的計(jì)稅工資標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行稅前扣除。
另外，根據(jù)《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整企業(yè)所得稅工資支出稅前扣除政策的通知》（財(cái)稅〔2006〕126號）的規(guī)定，2007年12月12日以前，企業(yè)計(jì)稅工資要受月人均1600元的限制，由于企業(yè)員工人均月工資普遍超過1600元，在實(shí)際計(jì)算繳納所得稅時(shí)，企業(yè)實(shí)行車改后為員工報(bào)銷的燃油費(fèi)基本上會因?yàn)槌^限額，而被作為工資部分的應(yīng)納稅所得額調(diào)增回來補(bǔ)稅，企業(yè)實(shí)際上享受不到扣除減免。
例如，2007年某企業(yè)當(dāng)年有員工100人，人均月工資2000元，全年發(fā)放2000×12×100÷10000＝240（萬元），人均月報(bào)銷燃油費(fèi)200元，全年發(fā)放200×12×100÷10000＝24（萬元），當(dāng)年工資總額為264萬元，工資允許稅前扣除限額1600×12×100÷10000＝192（萬元），在申報(bào)所得稅時(shí)調(diào)增應(yīng)納稅所得額72萬元，可以看出企業(yè)給予報(bào)銷的24萬元燃油費(fèi)都并入應(yīng)稅所得繳納了所得稅。
2008年1月1日（含）以后，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)工資薪金及職工福利費(fèi)扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號）規(guī)定，企業(yè)為員工報(bào)銷的燃油費(fèi)，應(yīng)作為職工交通補(bǔ)貼在職工福利費(fèi)中扣除。
這對于福利費(fèi)使用不足的企業(yè)而言顯然是利好，只要企業(yè)實(shí)際支出的職工福利費(fèi)不超過工資、薪金總額的14%，而且按規(guī)定用途使用，都可以在稅前扣除。
例如，2009年某企業(yè)當(dāng)年有員工100人，人均月工資2000元，全年工資總額2000×12×100÷10000＝240（萬元），人均月報(bào)銷燃油費(fèi)200元，全年發(fā)放200×12×100÷10000＝24（萬元），當(dāng)年已支出職工福利費(fèi)8萬元，全年職工福利費(fèi)合計(jì)32萬元＜福利費(fèi)扣除限額240×14%＝33.6（萬元），可以全部扣除。當(dāng)然了，如果企業(yè)當(dāng)年支出職工福利費(fèi)已經(jīng)較大，如發(fā)生15萬元了，那當(dāng)年的職工福利費(fèi)就達(dá)到39萬元，超標(biāo)的39－33.6＝5.4（萬元）在申報(bào)企業(yè)所得稅時(shí)就需要做應(yīng)納稅所得額調(diào)整了。
4.對中華人民共和國境內(nèi)的保險(xiǎn)企業(yè)將其承保的以境內(nèi)標(biāo)的物為保險(xiǎn)業(yè)務(wù)向境外再保險(xiǎn)人辦理分保的業(yè)務(wù)，支付給境外保險(xiǎn)的分保保費(fèi)收入扣繳企業(yè)所得稅問題。
根據(jù)中華人民共和國主席令第63號《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第三條第三款和第三十七條、原《外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅法》第三條和第十九條規(guī)定以及相關(guān)國家的稅收協(xié)定規(guī)定，對在中國境內(nèi)未設(shè)立機(jī)構(gòu)場所境外保險(xiǎn)企業(yè)，以境內(nèi)標(biāo)的物為保險(xiǎn)業(yè)務(wù)，取得保費(fèi)收入，應(yīng)扣繳預(yù)提所得稅。
5.金融機(jī)構(gòu)貸款轉(zhuǎn)為股權(quán)，計(jì)提壞賬準(zhǔn)備金稅前扣除的問題。
對于金融機(jī)構(gòu)發(fā)放給公司的貸款，因企業(yè)到期未能還本形成的呆滯貸款，經(jīng)國有資產(chǎn)管理委員會批復(fù)，將貸款轉(zhuǎn)為該公司的股權(quán)，因未構(gòu)成實(shí)質(zhì)性的呆賬，對金融機(jī)構(gòu)已提取的壞賬準(zhǔn)備金應(yīng)沖回，不得稅前扣除。
6.企業(yè)為職工購買人身意外險(xiǎn)的企業(yè)所得稅前扣除問題。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)所得稅稅前扣除辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2000〕84號）第四十九條及新《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第三十六條規(guī)定，除企業(yè)依照國家有關(guān)規(guī)定為特殊工種職工支付的人身安全保險(xiǎn)費(fèi)和國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門規(guī)定可以扣除的其他商業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)（如為從事高危工種職工投保的工傷保險(xiǎn)、為因公出差的職工按次投保的航空意外險(xiǎn)）外，企業(yè)為投資者或者職工支付的商業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)，不得在企業(yè)所得稅前扣除。
7.2008年工資稅前扣除方式改變的前后稅收銜接問題。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)工資薪金及職工福利費(fèi)扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號）第一條規(guī)定，工資薪金按實(shí)際發(fā)放為原則。如果企業(yè)將2007年度計(jì)提并已進(jìn)行稅前扣除的工資，在2008年度實(shí)際發(fā)放時(shí)再次進(jìn)行稅前扣除，應(yīng)進(jìn)行納稅調(diào)整�；诖艘�(guī)定，如果企業(yè)在2009年度還是預(yù)提的話，在2009年度沒有實(shí)際發(fā)放的則要進(jìn)行納稅調(diào)整。
8.金融保險(xiǎn)企業(yè)開展的以業(yè)務(wù)銷售附帶贈送實(shí)物的行為，根據(jù)企業(yè)所得稅法規(guī)定，屬于企業(yè)廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)支出，可以按規(guī)定比例稅前扣除。
9.企業(yè)與其他企業(yè)或個(gè)人共用水、電，無法取得水、電發(fā)票的，應(yīng)以雙方的租用合同、電力和供水公司出具給出租方的原始水、電發(fā)票或復(fù)印件、經(jīng)雙方確認(rèn)的用水、電量分割單等憑證，據(jù)實(shí)進(jìn)行稅前扣除。
10.企業(yè)向退休人員發(fā)放補(bǔ)助的稅前扣除問題。
根據(jù)新企業(yè)所得稅法實(shí)施條例第三十四條、《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)所得稅稅前扣除辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2000〕84號）第十八條規(guī)定，企業(yè)向退休人員發(fā)放的補(bǔ)助不得稅前扣除。退休人員取得的上述補(bǔ)助應(yīng)按規(guī)定扣繳個(gè)人所得稅。
11.金融企業(yè)向職工提供優(yōu)惠利率貸款的企業(yè)所得稅問題。
根據(jù)《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第十五條規(guī)定，金融企業(yè)給職工的優(yōu)惠利率貸款，應(yīng)按金融企業(yè)當(dāng)月市場同類貸款利率取得的利息收入，進(jìn)行企業(yè)所得稅納稅調(diào)整。
12.企業(yè)因解除勞動(dòng)關(guān)系向職工支付的經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償、生活補(bǔ)助的稅前扣除問題。
企業(yè)因解除勞動(dòng)關(guān)系向職工支付的經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償、生活補(bǔ)助等支出，應(yīng)根據(jù)《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)收取和交納的各種價(jià)內(nèi)外基金（資金、附加）和收費(fèi)征免企業(yè)所得稅等幾個(gè)政策問題的通知》（財(cái)稅字〔1997〕022號）第三條規(guī)定，按勞動(dòng)部關(guān)于《違反和解除勞動(dòng)合同的經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償辦法》規(guī)定支付給職工的經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償金，可在企業(yè)所得稅稅前扣除。
13.2009年，企業(yè)自查調(diào)增的應(yīng)納稅所得額可以彌補(bǔ)以前年度虧損，調(diào)減的應(yīng)納稅所得額，若有多繳所得稅的暫不辦理退稅，抵減以后年度應(yīng)納稅額。