企業(yè)合并包括三種形式，即控股合并、吸收合并和新設(shè)合并。所得稅上所稱合并業(yè)務(wù)通常是指吸收合并和新設(shè)合并，而控股合并所得稅上稱之為股權(quán)收購。企業(yè)合并的所得稅處理分一般性處理和特殊性處理，筆者現(xiàn)結(jié)合《關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號），對吸收合并、新設(shè)合并業(yè)務(wù)（以下簡稱合并業(yè)務(wù)）的所得稅特殊性處理進(jìn)行分析。
依據(jù)財稅[2009]59號文件規(guī)定，合并業(yè)務(wù)在同時滿足被合并企業(yè)股東取得的股權(quán)支付金額不低于其交易支付總額的85%（含同一控制下且不需要支付對價的企業(yè)合并）以及具有合理的商業(yè)目的等相關(guān)條件時，合并業(yè)務(wù)涉及的三方可以選擇按下列特殊性規(guī)定進(jìn)行所得稅處理。
合并企業(yè)的所得稅處理
（一）非股權(quán)支付中涉及非貨幣性資產(chǎn)應(yīng)否確認(rèn)資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失問題。
合并業(yè)務(wù)在符合特殊性處理規(guī)定的條件下，雖然合并企業(yè)支付的對價85%以上為股權(quán)支付，但仍可能涉及非股權(quán)支付。這里應(yīng)注意的是，如果非股權(quán)支付中涉及非貨幣性資產(chǎn)，仍應(yīng)按稅法規(guī)定確認(rèn)資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得或損失。
（二）接受被合并企業(yè)凈資產(chǎn)計(jì)稅基礎(chǔ)的確定。
按照財稅[2009]59號文件規(guī)定，合并企業(yè)接受被合并企業(yè)凈資產(chǎn)（資產(chǎn)、負(fù)債）的計(jì)稅基礎(chǔ)，以被合并企業(yè)的原有計(jì)稅基礎(chǔ)確定。這里重點(diǎn)分析接受被合并企業(yè)資產(chǎn)（以下簡稱合并資產(chǎn)）計(jì)稅基礎(chǔ)的確定。在不涉及非股權(quán)支付的情況下，合并資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)應(yīng)為被合并企業(yè)原來的計(jì)稅基礎(chǔ)。但在涉及非股權(quán)支付情況下，合并資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)應(yīng)根據(jù)被合并企業(yè)原有計(jì)稅基礎(chǔ)調(diào)整確定。如何進(jìn)行調(diào)整呢？實(shí)際工作中可利用分解理論調(diào)整確定合并資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)。由于合并企業(yè)為取得合并資產(chǎn)付出了股權(quán)支付和非股權(quán)支付兩種代價，因此可將其取得的合并資產(chǎn)分解為兩部分，即一部分通過股權(quán)支付方式取得，另一部分通過非股權(quán)支付方式取得。其中，通過股權(quán)支付方式取得合并資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)，依據(jù)財稅[2009]59號文件規(guī)定應(yīng)按其原來的計(jì)稅基礎(chǔ)確定。而通過非股權(quán)支付方式取得的合并資產(chǎn)相當(dāng)于按非股權(quán)支付的公允價值購入，因此應(yīng)按公允價值確定其計(jì)稅基礎(chǔ)。
（三） 以前年度所得稅事項(xiàng)的處理。
關(guān)于稅收優(yōu)惠政策的處理，財稅[2009]59號文件規(guī)定，在企業(yè)吸收合并中，合并后的存續(xù)企業(yè)性質(zhì)及適用稅收優(yōu)惠的條件未發(fā)生改變，可以繼續(xù)享受合并前該企業(yè)剩余期限的稅收優(yōu)惠，其優(yōu)惠金額按存續(xù)企業(yè)合并前一年的應(yīng)納稅所得額（虧損計(jì)為零）計(jì)算。依據(jù)上述規(guī)定，在稅率相同的情況下，剩余年限內(nèi)各年可享受的減免稅額相同。
關(guān)于彌補(bǔ)虧損問題，財稅[2009]59號文件只明確了符合特殊處理規(guī)定條件下，被合并企業(yè)以前年度發(fā)生的虧損應(yīng)如何彌補(bǔ)，而未明確合并企業(yè)合并前發(fā)生的尚未超過彌補(bǔ)期限的虧損合并后應(yīng)如何彌補(bǔ)。筆者認(rèn)為，后者也應(yīng)比照前者進(jìn)行處理。
被合并企業(yè)的所得稅處理
（一）是否確認(rèn)資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得或損失問題。
合并業(yè)務(wù)如果符合特殊性處理規(guī)定的條件，則不涉及或僅涉及少量的貨幣資金。因此，為支持企業(yè)進(jìn)行改組，財稅[2009]59號文件規(guī)定，被合并企業(yè)可暫不確認(rèn)全部資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得或損失，但應(yīng)確認(rèn)非股權(quán)支付對應(yīng)的轉(zhuǎn)讓所得損失。非股權(quán)支付對應(yīng)的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失＝（被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價值－被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)）×（非股權(quán)支付金額÷被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價值）。
（二）以前年度所得稅事項(xiàng)的處理。
符合特殊性處理?xiàng)l件的合并業(yè)務(wù)，由于被合并企業(yè)暫不確認(rèn)全部資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失，依據(jù)財稅[2009]59號文件規(guī)定，被合并企業(yè)合并前的相關(guān)所得稅事項(xiàng)由合并企業(yè)承繼。
關(guān)于以前年度虧損在合并企業(yè)的彌補(bǔ)問題，依據(jù)財稅[2009]59號文件規(guī)定，可由合并企業(yè)彌補(bǔ)的被合并企業(yè)虧損的限額=被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值×截至合并業(yè)務(wù)發(fā)生當(dāng)年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率。這里應(yīng)注意的是，文件未明確按公式計(jì)算出的限額是每年可由合并企業(yè)彌補(bǔ)虧損的限額，還是虧損剩余彌補(bǔ)期限內(nèi)可由合并企業(yè)彌補(bǔ)虧損的合計(jì)限額。筆者認(rèn)為按公式計(jì)算出的限額應(yīng)屬于前者。
關(guān)于稅收優(yōu)惠政策在合并企業(yè)可否繼續(xù)享受問題，財稅[2009]59號文件只明確了合并企業(yè)合并前未執(zhí)行到期的稅收優(yōu)惠應(yīng)如何處理，但未明確被合并企業(yè)合并前未執(zhí)行到期的稅收優(yōu)惠應(yīng)如何處理。筆者認(rèn)為后者應(yīng)比照前者進(jìn)行處理。
被合并企業(yè)股東的所得稅處理
（一）是否確認(rèn)舊股的轉(zhuǎn)讓所得或損失問題。
符合特殊性處理?xiàng)l件的合并業(yè)務(wù)，被合并企業(yè)股東在合并中取得的多數(shù)利益為合并企業(yè)的股權(quán)，且取得的股權(quán)連續(xù)12個月內(nèi)不得轉(zhuǎn)讓。如果在合并業(yè)務(wù)發(fā)生時如對其確認(rèn)舊股全部轉(zhuǎn)讓所得并征稅，會造成資金困難，從而違背所得稅的量能負(fù)擔(dān)原則。因此，依據(jù)財稅[2009]59號文件規(guī)定，被合并企業(yè)股東可暫不確認(rèn)舊股的轉(zhuǎn)讓所得或損失，但應(yīng)確認(rèn)非股權(quán)支付部分對應(yīng)的舊股轉(zhuǎn)讓所得或損失。
（二）新股計(jì)稅基礎(chǔ)的確定問題。
符合特殊性處理?xiàng)l件的合并業(yè)務(wù)，由于被合并企業(yè)股東暫不確認(rèn)舊股的全部轉(zhuǎn)讓所得或損失，按照所得稅的對等理論，被合并企業(yè)股東不能按照公允價值確定合并企業(yè)股權(quán)（以下簡稱新股）的計(jì)稅基礎(chǔ)。依據(jù)財稅[2009]59號文件規(guī)定，應(yīng)按其原持有的被合并企業(yè)股權(quán)的計(jì)稅基礎(chǔ)確定新股計(jì)稅基礎(chǔ)。具體而言，在不涉及非股權(quán)支付的情況下，新股計(jì)稅基礎(chǔ)應(yīng)為舊股原計(jì)稅基礎(chǔ)；在涉及非股權(quán)支付的情況下，新股計(jì)稅基礎(chǔ)應(yīng)根據(jù)舊股原計(jì)稅基礎(chǔ)調(diào)整確定。至于如何調(diào)整，財稅[2009]59號文件未明確具體調(diào)整方法，筆者結(jié)合實(shí)際工作總結(jié)了兩種調(diào)整方法。
第一，依據(jù)所得稅對等理論確定新股計(jì)稅基礎(chǔ)。按照財稅[2009]59號文件規(guī)定，被合并企業(yè)股東應(yīng)確定非股權(quán)支付對應(yīng)的舊股轉(zhuǎn)讓所得或損失，按照所得稅對等理論，以減少舊股為代價取得新股及非股權(quán)支付的計(jì)稅基礎(chǔ)之和應(yīng)為舊股的原計(jì)稅基礎(chǔ)加上確認(rèn)的非股權(quán)支付對應(yīng)的舊股轉(zhuǎn)讓所得或損失，即新股計(jì)稅基礎(chǔ)+非股權(quán)支付計(jì)稅基礎(chǔ)＝舊股原計(jì)稅基礎(chǔ)+非股權(quán)支付對應(yīng)的舊股轉(zhuǎn)讓所得或損失，據(jù)此即可推算出新股的計(jì)稅基礎(chǔ)（非股權(quán)支付的計(jì)稅基礎(chǔ)應(yīng)按公允價值確定）。
第二，利用分解理論確定新股計(jì)稅基礎(chǔ)。在涉及非股權(quán)支付的情況下，可將被合并企業(yè)股東減少的舊股分為兩部分，一部分用于換取新股；另一部分用于轉(zhuǎn)讓，且取得的非股權(quán)支付視為轉(zhuǎn)讓舊股取得的經(jīng)濟(jì)利益。依據(jù)財稅[2009]59號文件規(guī)定，舊股用于換取新股的部分不確認(rèn)其轉(zhuǎn)讓所得或損失，因此新股計(jì)稅基礎(chǔ)應(yīng)為此部分舊股的原計(jì)稅基礎(chǔ)。確定新股計(jì)稅基礎(chǔ)的關(guān)鍵在于如何將舊股原計(jì)稅基礎(chǔ)分解為用于換取新股和用于轉(zhuǎn)讓兩部分。可設(shè)舊股中用于轉(zhuǎn)讓部分的原計(jì)稅基礎(chǔ)為X，則有：舊股公允價值/舊股原計(jì)稅基礎(chǔ)＝非股權(quán)支付/X，解得X，則舊股中用于換取新股部分的原計(jì)稅基礎(chǔ)=舊股原計(jì)稅基礎(chǔ)－X，此部分金額即為新股的計(jì)稅基礎(chǔ)。