國稅函[2009]698號文件在第四條對非居民企業(yè)轉讓股權所得的確認雖有較詳細的規(guī)定，但讀起來卻不易懂，筆者試分析認為非居民企業(yè)股權轉讓按其股權出資情況不同，其股權轉讓所得的計算將會有3種情況：
1．境外投資者如一次性投入或購買股權的，其股權轉讓所得計算應以非居民企業(yè)向被轉讓股權的中國居民企業(yè)投資時或向原投資方購買該股權時的幣種計算股權轉讓價和股權轉讓成本價。
【案例】某英屬維爾京群島（下稱“BVI”）投資者A公司，2007年度投入中國居民企業(yè)B公司美元現(xiàn)匯500萬美元，投入當時美元對人民幣匯率為1：7.8087，B公司計算實收資本人民幣金額為3904.35萬元。2009年12月BVI投資者A公司將100%股權轉讓給香港投資者C公司，其轉讓價款為港幣5000萬港元，當日美元對人民幣的匯率為1：6.8287，港幣對人民幣的匯率為1：0.8805。
則BVI投資者A公司股權轉讓所得計算過程如下：由于我國官方只公布人民幣對美元和港幣的兌換價，需要折算出美元對港幣的匯率折算是6.8287/0.8805≈7.7555。雖然該股權轉讓的交易貨幣是港幣，但必須重新按照美元計算出股權轉讓價=港幣5000萬/7.7555=644.7萬美元。股權轉讓所得=股權轉讓價-股權轉讓成本=644.7萬美元-500萬美元=144.7萬美元。該股權轉讓應納企業(yè)所得稅=144.7萬美元×10%×6.8287=98.81萬人民幣。
2．如果同一非居民企業(yè)存在多次投資的，以首次投入資本時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價，以加權平均法計算股權成本價。
【案例】某BVI投資者A公司，2007年1月投入中國居民企業(yè)B公司美元現(xiàn)匯200萬美元，投入當期美元對人民幣匯率為1：7.8087。5月投入B公司現(xiàn)匯50萬美元，投入當期美元對人民幣匯率為1：7.7055；2007年10月投入現(xiàn)匯250萬美元，投入當期美元對人民幣匯率為1：7.5108。公司經審驗后注冊資本折合人民幣金額為3,824.715萬元（200×7.8087+50×7.7055×250×7.5108）。2009年12月BVI投資者A公司將100%股權轉讓給香港投資者C公司，其轉讓價款為港幣5000萬元，當時美元對人民幣的匯率為1：6.8287,港幣對人民幣的匯率為1：0.8805。
則BVI投資者A公司有關股權轉讓所得計算如下：由于首次投入資本時的幣種為美元，則股權轉讓價和股權成本價均以美元計算。經過計算，美元對港幣的匯率折算為6.8287/0.8805≈7.7555。股權轉讓價5000萬港幣依據7.7555的匯率折算為644.7萬美元。股權轉讓成本第一次是200萬美元、第二次是50萬美元、第三次是250萬美元，合計為500萬美元。股權轉讓所得=644.7萬美元-500萬美元=144.7萬美元。該股權轉讓應納所得稅=144.7萬美元×10%×6.8287=98.81萬元人民幣。
3．多次投資時幣種不一致的，則應按照每次投入資本當日的匯率換算成首次投資時的幣種。
【案例】BVI投資者A公司于2007年1月投入中國居民企業(yè)B公司美元現(xiàn)匯200萬美元，投入當期美元對人民幣匯率為1：7.8087。5月投入B公司歐元現(xiàn)匯50萬歐元，投入當期歐元對人民幣匯率為1：10.4999；2007年10月投入港幣現(xiàn)匯250萬元，投入當期港幣對人民幣匯率為1：0.9683。該公司經審驗后的注冊資本折合人民幣金額是200×7.8087+50×10.4999×250×0.9683，即2328.81萬元。2009年12月BVI投資者A公司將轉讓給境內投資者C，其轉讓價款為人民幣5000萬元，當時美元對人民幣的匯率為1：6.285。
由于首次投入資本時的幣種為美元，則股權轉讓價和股權成本價以美元計算，境外投資者A公司股權轉讓所得計算如下：首先考慮將不同期間的歐元、港幣外匯折算為美元的匯率：2007年5月歐元兌美元匯率=770.55/1049.99≈0.7339。2007年10月美元兌港幣匯率=751.08/96.83≈7.7567。由于2009年12月美元兌人民幣匯率=6.8285,計算股權轉讓價=5000萬人民幣/6.8285=732.23萬美元。
股權轉讓成本：第一次為200萬美元、第二次為50萬歐元/0.7339=68.13萬美元、第三次為250萬歐元/7.7567=32.23美元，合計為300.36萬美元。股權轉讓所得=732.23萬美元-300.36萬美元=431.87萬美元。股權轉讓應納所得稅=431.87萬美元×10%×6.8285=294.90萬元人民幣。