實物還建，是指房地產開發(fā)公司通過以房還房的方式進行的拆遷補償。由于在實物還建方式下交易的雙方不進行現(xiàn)金結算。房地產納稅人對實物還建的土地增值稅處理容易產生誤解，最終少繳或不繳稅款而面臨被處罰的風險，更有甚者多繳了土地增值稅卻渾然不知。
1.實物補償未按規(guī)定扣除
土地增值稅政策規(guī)定：對房地產納稅人發(fā)生的由土地征用及拆遷補償費組成的土地開發(fā)成本，應當在計算土地增值稅時扣除。但實踐中，有的房地產納稅人因未發(fā)生現(xiàn)金交割而誤解為這部分成本不能扣除。由于未將實物補償作為開發(fā)成本扣除，相應也未將該成本作為房地產開發(fā)費用定率扣除以及加計扣除的基數(shù)，從而少扣了應扣除的房地產開發(fā)成本費用。如某市一房地產開發(fā)公司與被拆遷戶約定：還建比例為1：1，還建的住房面積為1200平方米，其中鋪面房400平方米，還建的房產相當于600萬元貨幣補償。 該公司在增值稅清算時并未將實物補償部分從增值額中扣除。少扣了房地產開發(fā)費用60（即600x10％）萬元以及20％的加計扣除120萬元。僅此一項， 該公司就多計算土地增值額780（即600+60+120）萬元，即便按土地增值稅最 低適用稅率30％計算，該公司也相應就多繳土地增值稅234（即780x30％）萬元。
2.實物補償未按項目正確分攤
《國家稅務總局關于房地產開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)[2006]187號）規(guī)定： “屬于多個房地產項目共同的成本費用，應按清算項目可售建筑面積占多個項目可售總建筑面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項目的扣除金額。”土地增值稅是以開發(fā)項目為清算單位的，不同清算單位發(fā)生的成本費用不得相互抵減，因此。對于屬于多個清算單位發(fā)生的共同成本費用，要在各清算單位之間按一定標準進行合理分配或分攤。分攤方法通常有如下三種：①按轉讓土地使用權面積占可轉讓土地總面積的比例計算分攤；②按照轉讓的建筑面積占總建筑面積的比例來計算分攤；③按稅務機關確認的其他方式計算分攤。
另外，土地增值稅政策規(guī)定，符合下列情形之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：①已竣工驗收的房地產開發(fā)項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85％以上，或該比例雖未超過85％。但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；②取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；③納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；④省稅務機關規(guī)定的其他情況。因此，拆遷補償成本還應當在已銷售的商品房與未銷售的商品房之間進行分攤或分配。在清算時，本次允許扣除項目金額可以采用已售面積百分比法或單位成本法計算�？墒勖娣e百分比法：本次允許扣除項目金額=允許扣除項目總金額×（已售建筑面積÷可售總建筑面積）；單位成本法：本次允許扣除項目金額=已售建筑面積×（允許扣除項目總金額÷可售總建筑面積）。
實踐中，不合理分攤實物還建成本的現(xiàn)象比較普遍。如某市A房地產開發(fā)公司于2006年一次性征地10萬平方米，計劃在該宗土地上分五期開發(fā)商品房20棟。所開發(fā)商品房總建筑面積為500萬平方米。其中一期開發(fā)工程占地面積為1萬平方米。開發(fā)的商品房總建筑面積為20萬平方米，已銷售19萬平方米，其中30套商品房用于補償被拆遷戶，市場價值600萬元。該公司在土地增值稅清算時，將以實物方式支付的拆遷補償費全部在第一期開發(fā)項目中扣除，這顯然是不符合土地增值稅規(guī)定的。
正確的做法應當是：首先，確定應分攤的清算單位，因該宗土地分五期開發(fā)，所以，應當是五個清算單位。其次，確定總建筑面積。五期開發(fā)項目的總建筑面積為500萬平方米。最后，確定一期開發(fā)項目應分攤的實物還建成本為：600÷5000000x200000=24（萬元）。由此可見，該房地產開發(fā)公司多扣除了576（即600—24）萬元。
3.實物補償?shù)膬r值確認不正確
有的稅務機關認為，房地產開發(fā)公司付出的代價是建筑成本，所以，實物還建的補償價值應以房地產開發(fā)公司所置換的商品房的建筑造價來確認。筆者認為，房地產開發(fā)公司以房產換取被拆遷方的房產或土地，所換取的房產與被拆遷方的產或土地屬于對價關系，因此所換取的新房的市場價值才是房地產開發(fā)商為獲取被拆遷房的房產或土地而付出的代價。新房的市場價值顯然不是房屋的建筑造價。但實物還建房產的公允價值有時難以取得，筆者認為可參照以下辦法確定：一是房地產開發(fā)公司與被拆遷戶在拆遷協(xié)議中明確約定了補償標準的。按約定的補償標準確定：二是參照以貨幣形式補償標準執(zhí)行；三是按實物還建房的銷售價格作為扣除的依據(jù)。
4.實物補償?shù)姆慨a未“視同銷售”
由于沒有取得現(xiàn)金收入，所以一部分房地產納稅人在土地增值稅清算申報時。沒有把實物還建的房產確認為土地增值稅的應稅收入：有的房地產開發(fā)企業(yè)對還建房不計應稅營業(yè)額。直接抵減拆遷補償費。而土地增值稅政策明確規(guī)定： “納稅人將開發(fā)的房地產用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等。發(fā)生所有權轉移時應視同銷售房地產。”因此，實物還建的房產應“視同銷售”，應確認為銷售不動產收入。
在對實物還建房產收入的確定上， 《國家稅務總局關于印發(fā)（土地增值稅清算鑒證業(yè)務準則）的通知》（國稅發(fā)[2007]132號）第二十三條規(guī)定： “納稅人將開發(fā)的房地產用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發(fā)生所有權轉移時應視同銷售房地產，其視同銷售收入按下列方法和順序審核確認：（一）按本企業(yè)當月銷售的同類房地產的平均價格核定。（二）按本企業(yè)在同一地區(qū)、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確認。（三）參照當?shù)禺斈辍⑼惙康禺a的市場價格或評估價值確認。”