問題主要表現(xiàn)為：將應(yīng)稅收入置于賬外核算而偷逃應(yīng)繳稅款；混淆不同稅率的應(yīng)稅收入而少計應(yīng)繳稅款；虛擬貨運行為并虛開貨運發(fā)票；不能采用合并納稅方式而重復(fù)繳納稅款。

　　1、營業(yè)稅是與物流企業(yè)關(guān)系最為密切的流轉(zhuǎn)稅稅種。

　　《營業(yè)稅暫行條例》規(guī)定，營業(yè)稅原則上采取屬地征收的方法，即納稅人在經(jīng)營行為發(fā)生地繳納應(yīng)納稅款；但就從事運輸業(yè)務(wù)的納稅人而言，其應(yīng)當(dāng)向機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。很明顯，這一規(guī)定禁止了經(jīng)營性貨運車輛的異地開票行為，忽視了經(jīng)營性貨運車輛在返程途中可能產(chǎn)生的經(jīng)濟效益。比方說，機構(gòu)所在地為杭州的某物流企業(yè)承攬了從杭州至上海的單程貨運業(yè)務(wù)，將貨物運抵目的地后，為了降低車輛空駛率，通常會在當(dāng)?shù)刎涍\市場承接返程貨運業(yè)務(wù)，此時，該物流企業(yè)作為承運人因其不能開具發(fā)票而會給托運人造成損失，但如果承運人愿意提供一定價格上的優(yōu)惠并能與托運人達(dá)成協(xié)議，就可以選擇以現(xiàn)金方式進行價款結(jié)算，從而獲得賬外收入。目前，在物流業(yè)多以現(xiàn)金方式進行款項結(jié)算就是很好的佐證。該物流企業(yè)將其返程途中產(chǎn)生的經(jīng)營收入置于賬外，而相關(guān)成本卻在賬內(nèi)核算，這種財務(wù)核算方法使企業(yè)不但逃避了營業(yè)稅及附加稅（費），而且偷逃了企業(yè)所得稅。

　　2、服務(wù)范圍外延的差異是現(xiàn)代物流業(yè)與傳統(tǒng)物流業(yè)的區(qū)別之一。

　　傳統(tǒng)物流業(yè)通常以提供客、貨運輸服務(wù)為主，而現(xiàn)代物流業(yè)的服務(wù)范圍涵蓋了運輸、裝卸、倉儲、配送等多方面?，F(xiàn)行稅法將全程化物流作業(yè)切割成若干個應(yīng)稅項目，分別設(shè)定了不同的適用稅率，如運輸、裝卸、搬運是3％，倉儲、配送、代理是5％。以運輸和配送為例，兩者的稅負(fù)存在差異而業(yè)務(wù)性質(zhì)又較難區(qū)分，由于托運方可將所付運費的7％作為增值稅進項稅額予以抵扣，而支付的配送費、倉儲費等則不允許抵扣。因此，在交易總額不變的情況下，托運方常授意物流企業(yè)在開具發(fā)票時人為地加大運費金額，減少配送、倉儲等費用；而物流企業(yè)在核算應(yīng)稅收入時，也樂于調(diào)增低稅率應(yīng)稅所得、調(diào)減高稅率應(yīng)稅所得，從而降低其整體稅負(fù)水平。

　　3、為了加強對增值稅進項稅額抵扣的管理，國家稅務(wù)總局《關(guān)于加強貨物運輸業(yè)稅收管理及運輸發(fā)票增值稅抵扣管理的公告》規(guī)定從2003年12月1日起，國家稅務(wù)局將對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發(fā)票與營業(yè)稅納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票進行比對。

　　凡比對不符的，一律不予抵扣。顯然，該規(guī)定旨在遏制偷逃增值稅稅款的不法行為，但這種遏制作用更多地反映在形式上，卻不能深入到經(jīng)濟行為是否真實的層面。事實上，有些符合自開票納稅人基本認(rèn)定條件的物流企業(yè)，不顧自開票納稅人在“未提供貨物運輸勞務(wù)、非貨物運輸勞務(wù)及由其他納稅人（包括承包人、承租人及人）提供貨物運輸勞務(wù)”三種情況下不得開具貨物運輸業(yè)發(fā)票的規(guī)定，為其他納稅人開具貨運發(fā)票，并以收取開票服務(wù)費作為牟利手段。

　　4、成熟的物流企業(yè)會采取網(wǎng)絡(luò)化運營模式，但目前很少有物流企業(yè)能以合并納稅的方式計繳企業(yè)所得稅。

　　為了避免不能與下屬企業(yè)盈虧相抵而多繳所得稅稅款，物流企業(yè)常以方式進行異地設(shè)點，這造成了貨運市場的混亂。另外，托運方依據(jù)自身需要會與物流企業(yè)簽訂物流全程化合約，而該物流企業(yè)出于自身網(wǎng)絡(luò)覆蓋和經(jīng)濟效益的考慮，一般只操作其較為擅長的業(yè)務(wù)環(huán)節(jié)，并將相對薄弱的業(yè)務(wù)環(huán)節(jié)轉(zhuǎn)包給其他物流企業(yè)。在此情況下，初承運方需按照全程化合約確定的所得額納稅，分承運方則需按照分包協(xié)議上確定的所得額納稅，這造成企業(yè)所得稅的重復(fù)計繳。國家稅務(wù)總局《貨物運輸業(yè)營業(yè)稅征收管理試行辦法》規(guī)定，對自開票納稅人的聯(lián)運業(yè)務(wù)，以其向托運方收取的運費及其他價外收費減去付給其他聯(lián)運合作方運費后的余額為營業(yè)額計征營業(yè)稅。但是，在企業(yè)所得稅的計算上尚無類似規(guī)定。因此，物流企業(yè)為了避免多重計稅，寧愿為托運方湊足發(fā)票數(shù)額以便其抵扣和做賬而肆意借票。這擾亂了發(fā)票管理工作的正常進行。