鑫達集團股份有限公司地處江西南昌，成立于2001年，主要從事通信設備的生產加工和批量銷售。出于生產經營的需要，鑫達集團先后在長沙、南京、武漢、青島和深圳等城市設立了不具備法人資格的分公司。其中，深圳分公司成立于2005年，當時適用15%的企業(yè)所得稅優(yōu)惠稅率，根據《國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)〔2007〕39號），深圳分公司2009年適用20%的所得稅過渡稅率。上述分公司符合匯總納稅的條件，并采取分季度預繳所得稅的辦法。已知鑫達集團2009年第三季度匯總后的全部應納稅所得額為16000萬元，除深圳分公司適用20%的所得稅率外，總公司和其他各分公司均適用25%的稅率。各分公司的經營收入、工資總額和資產總額占分公司合計數的比重，長沙分公司分別為29.27%、27.21%和25.53%；南京分公司分別為23.21%、22.17%和21.12%；武漢分公司分別為9.27%、13.20%和13.76%；青島分公司分別為6.85%、11.80%和12.29%；深圳分公司分別為31.40%、25.62%和27.30%。鑫達集團總分支機構如何匯總納稅？
第一步，計算各分公司的分攤比例。根據《跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發(fā)〔2008〕28號）的規(guī)定，對于鑫達集團2009年第三季度的所得，南昌總公司應按照2008年各分公司的經營收入、職工工資和資產總額三個因素來計算各分公司分攤所得稅款的比例，計算公式為：
某分支機構分攤比例＝0.35×（該分支機構營業(yè)收入÷各分支機構營業(yè)收入之和）＋0.35×（該分支機構工資總額÷各分支機構工資總額之和）＋0.30×（該分支機構資產總額÷各分支機構資產總額之和）。
根據上述公式，可以求得長沙分公司的分攤比例為29.27%×0.35+27.21%×0.35+25.53%×0.3=27.43%。同理可以求得南京、武漢、青島和深圳分公司的分攤比例分別為22.22%、11.99%、10.21%和28.15%。
第二步，計算鑫達集團的應納稅總額。根據國稅發(fā)〔2008〕28號文件的規(guī)定，總機構和分支機構處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后依照規(guī)定比例，計算分攤不同稅率地區(qū)機構的應納稅所得額后，再分別按總機構和分支機構所在地的適用稅率計算應納稅額。
鑫達集團全部應納稅所得額為16000萬元，根據國稅發(fā)〔2008〕28號文件的規(guī)定，其中50%在各分公司間分攤，50%由總公司分攤，即南昌總公司分攤所得額16000×50%=8000（萬元），各分公司分攤所得額16000×50%=8000（萬元）。在各分公司分攤的所得額中，長沙分公司分攤8000×27.43%=2194.4（萬元），南京分公司分攤8000×22.22%=1777.6（萬元），武漢分公司分攤8000×11.99%=959.2（萬元），青島分公司分攤8000×10.21%=816.8（萬元），深圳分公司分攤8000×28.15%=2252（萬元）。則鑫達集團應納稅總額=（8000+2194.4+1777.6+959.2+816.8）×25%+2252×20%=3887.4（萬元）。
第三步，計算總公司和各分公司應預繳的應納稅額。根據《國家稅務總局關于跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函〔2009〕221號）的規(guī)定，總機構和分支機構處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后按照國稅發(fā)〔2008〕28號文件規(guī)定的比例和權重，計算劃分不同稅率地區(qū)機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出企業(yè)的應納所得稅總額。再按照國稅發(fā)〔2008〕28號文件規(guī)定的比例和權重，向總機構和分支機構分攤就地預繳的企業(yè)所得稅款。
具體而言，鑫達集團2009年第三季度的應納稅總額3887.4萬元中，南昌總公司應分攤3887.4×50%=1943.7（萬元），各分公司分攤3887.4×50%=1943.7（萬元）。在各分公司分攤的1943.7萬元中，長沙分公司應分攤1943.7×27.43%=533.16（萬元），同理可以求出南京、武漢、青島和深圳分公司分別應分攤431.89萬元、233.05萬元、198.45萬元和547.15萬元。該集團第三季度預繳稅款的合計數=1943.7+533.16+431.89+233.05+198.45+547.15=3887.4（萬元）。
第四步，匯總清算。在2009年度終了后，鑫達集團南昌總公司應負責進行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳。需要注意的是，在計算總公司和各分公司預繳的所得稅款時，按照經營收入、職工工資和資產總額計算各分公司的分攤比例時，采取的是各分公司以前年度的指標。而在匯總清算環(huán)節(jié)，鑫達集團為計算年度應納稅額，仍需要按照上述方法對集團的年度應納稅所得額進行計算分攤，但是在確定各分公司的分攤比例時經營收入、職工工資和資產總額采用的是2009年度的指標，不再是以前年度的指標。鑫達集團南昌總公司負責進行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，按照上述辦法統(tǒng)一計算集團2009年度的應納所得稅額，抵減總公司、各分公司當年已就地分期預繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補稅款。
需要說明的是，根據國稅函〔2009〕221號文件，除《國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)〔2007〕39號）、《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財稅〔2008〕1號）和《財政部、國家稅務總局關于貫徹落實國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策有關問題的通知》（財稅〔2008〕21號）有關規(guī)定外，跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)不得按照上述總分支機構處于不同稅率地區(qū)的計算方法計算并繳納企業(yè)所得稅，應按照企業(yè)適用統(tǒng)一的稅率計算并繳納企業(yè)所得稅。為了平衡總分支機構所在地的稅收收入和反避稅工作的需要，對于總分支機構適用不同所得稅率的情況，國稅發(fā)〔2008〕28號文件和國稅函〔2009〕221號文件都要求在進行匯總納稅時必須進行兩次分攤。第一次分攤的對象是企業(yè)的全部應納稅所得額，目的是求出應納稅總額；第二次分攤的對象是應納稅總額，目的是確定各總分支機構應分攤的應納稅額。因此，如果總分支機構適用的企業(yè)所得稅稅率相同，則不需要進行兩次分攤。