國庫集中收付制度的實行增加了財政宏觀調控能力，如何結合會計委派制集中核算的業(yè)務特點，使會計核算中心的賬務處理方法科學化、規(guī)范化成為關鍵。
一、本級財政部門統(tǒng)一調度會計核算中心資金的賬務處理
本級財政國庫管理部門根據(jù)財政資金的儲備情況調用會計核算中心（某些地方稱“會計工作站”）“基本戶”銀行存款，需出具合法的批件和收款收據(jù)。會計核算中心建立獨立的核算體系，真實記錄與本級財政國庫管理部門發(fā)生的資金往來，代理單位的銀行存款數(shù)額則不發(fā)生變動。
調出時，
借：暫付款——財政國庫部門——明細科目（行政單位）
其他應收款——財政國庫部門——明細科目（事業(yè)單位）
貸：銀行存款—會計站基本戶
調入時，作反方向會計分錄。
二、本級財政國庫管理部門根據(jù)各會計工作站備用金實有數(shù)，核撥部門預算款項的賬務處理
1.本級財政國庫管理部門撥入部門指標款時（資金沒有發(fā)生空間位置轉移），入賬依據(jù)有單位收款收據(jù)、部門預算和預算審批表。
行政單位會計分錄：
借：暫付款——財政國庫部門——明細科目
貸：撥入經費——經常性經費
——專項經費
預算外資金收入
事業(yè)單位會計分錄：
借：其他應收款——財政國庫部門——明細科目
貸：財政補貼收入
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事業(yè)收入——財政專戶撥款
2.發(fā)生支出項目交由本級財政國庫管理部門直接支付時，入賬依據(jù)有發(fā)票、合同和工資表等。
行政單位會計分錄：
借：經費支出——經常性支出
——專項支出
預算外支出
貸：暫付款——財政國庫部門
——明細科目
屬于固定資產的借固定資產，貸固定基金。
事業(yè)單位會計分錄：
借：事業(yè)支出
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貸：其他應收款——財政國庫部門——明細科目
屬于固定資產的借固定資產，貸固定基金
3.授權會計核算中心支付時，入賬依據(jù)有發(fā)票、合同和其他支出資料等。
行政單位會計分錄：
借：經費支出——經常性支出
——專款支出
預算外支出
貸：銀行存款——基本戶存款
屬于固定資產的借固定資產，貸固定基金。
事業(yè)單位會計分錄：
借：事業(yè)支出
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貸：銀行存款——基本戶存款
4.本級財政國庫管理部門通過銀行劃入上述部門預算指標款項時
借：銀行存款——基本戶存款
貸：暫付款——財政國庫部門
——明細科目
其他應收款——財政國庫部門——明細科目（事業(yè)單位）
