全面取消農業(yè)稅有效減輕了農民負擔，但還必須跟上相應的配套措施，才不致于將這種負擔轉移從而可能造成新的負擔。
一、鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府職能轉變滯后
取消農業(yè)稅后，長期圍繞稅費轉的鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府，工作量大大減少，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府的催糧派款喪失了執(zhí)行空間，人浮于事的問題顯得十分突出。此外，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府的財政收入不再依靠農村而主要來自上級政府的轉移支付。而轉移支付資金多被縣政府分解到各個縣級職能部門，鄉(xiāng)鎮(zhèn)財政完全成了“吃飯財政”。因此，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府的職能應該重新定位，將原來的部分管理職能剝離出去，由管理型向服務型轉變。但是在具體實踐中，基層政府職能轉變嚴重滯后，大部分鄉(xiāng)鎮(zhèn)對政府職能轉變基本上都停留在口頭上，沒有采取實際行動。
而鄉(xiāng)鎮(zhèn)職能轉變滯后的原因是“社會穩(wěn)定”的剛性約束。各級政府不愿意看到由于職能轉變的沖擊再增加一支鄉(xiāng)鎮(zhèn)干部的上訪隊伍。其次，雖然原則上說機構設置不要求上下對口，但是專項資金、項目等都由上級部門控制，如果鄉(xiāng)鎮(zhèn)沒有這個部門，就要受到種種牽制。這種牽制經常直接表現(xiàn)為得不到上級的專項資金等非常實在的損失。再次，鄉(xiāng)鎮(zhèn)本身的擴張沖動強烈，編制約束力極其有限。
二、農村公共產品更顯不足
取消農業(yè)稅以后，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府財政收入失去了主要來源，對農村公共產品的供給更是有心無力。村委會要供給公共產品，必須籌集資金，但村委會不是一級政府，它不能有獨立的公共財政權。因此農村基礎設施建設短缺成為當前農村的一大難題。
農村基礎設施建設短缺。以水利道路基礎設施建設為例，農業(yè)稅、“兩工”取消后，村內小型水利建設可以通過“一事一議”的方式解決，但跨鄉(xiāng)、跨村的道路水利設施建設工程難以開展。尤其在防洪任務重的洞庭湖區(qū)，按照防洪標準每年一線防洪大堤都要加高培厚，以前采取的辦法基本上都是運用“兩工”中的積累工，搞部分以資代勞，籌集資金用于堤防建設，每年用于堤防建設的以資代勞資金數(shù)目都相當大。
技術服務、農業(yè)信息等公共服務供給不足。在對農民的問卷調查中詢問農民“最希望從政府那里得到什么服務”，結果顯示：排在第一位的為農業(yè)技術指導。近幾年來，農民的科學種田水平并沒有提高多少，鄉(xiāng)鎮(zhèn)農技站、畜牧站、水產站等涉農部門也只是一門心思忙于自己的經濟利益，很少關注對農業(yè)的技術指導。而農民迫切需要種植、養(yǎng)殖方面的技術，現(xiàn)實中普遍缺乏農業(yè)技術服務。
三、鄉(xiāng)村兩級財政運轉困難
鄉(xiāng)村兩級財政收支矛盾突出。稅費改革以前，鄉(xiāng)鎮(zhèn)財政收入主要來源于各項稅費收入。農業(yè)稅取消以后，農業(yè)附加稅自行消失，村級運轉資金來源大量減少。今年免征農業(yè)稅，農業(yè)稅附加收入消失，國家財政轉移支付將成為村級正常運轉的惟一來源，村級收支缺口會更大， 村級組織將難以發(fā)揮自我管理、自我教育、自我服務的作用。
農業(yè)稅尾欠及其余稅收的收繳困難。 這次在宣布取消農業(yè)稅的同時，宣布暫停稅改前尾欠的清收，并對欠稅實行掛賬停息處理。這使農業(yè)稅尾欠問題成為目前農村社會的一大難題。
四、農村社會保障日益困難
中國農業(yè)人口約9億人，其中65歲以上的老年人口約6500萬人，農村人口的生活水平普遍低下。到目前為止，社會保障的覆蓋面局限于城鎮(zhèn)地區(qū)，而農村的社會保障嚴重滯后。大量青壯年農民進入城市后，農村老弱人群的基本保障問題更加突出。
農村弱勢群體保障問題日益突出。農村社會保障工作主要是救助社會弱勢群體和優(yōu)待撫恤特殊群體。對于這兩類人的救助優(yōu)撫，主要是縣級以上政府的責任，但由于資金有限，通常都要求鄉(xiāng)村兩級給予相應的資金配套或實物兌現(xiàn)。
農村醫(yī)療保障需求日益增加。在收入增長緩慢的前提下，疾病、養(yǎng)老和貧困是農民面臨的最大風險。而疾病與養(yǎng)老相比，風險更大。因此，醫(yī)療保障成為農民在社會保障體系中的第一保障需求。但是，目前的醫(yī)療保障基本上是農民自我保障。在醫(yī)藥價格猛漲的情形下，農民醫(yī)療費用支出急劇增加，醫(yī)療費用攀升的幅度超過了農民實際收入增長的幅度。據(jù)統(tǒng)計，醫(yī)療費用的增長幅度是農民收入增長幅度的2.5倍左右，醫(yī)療費用遠遠超出了農民個人和家庭的經濟承受能力。在農村，小病經常不看，大病看不起，一旦出現(xiàn)大病，則整個家庭陷入經濟困頓之中，因病致貧、因病返貧現(xiàn)象極為普遍。農民對社會醫(yī)療保障的需求很大。
五、農村文化教育缺乏
取消農業(yè)稅以后，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府收入明顯減少，也影響到農村基礎教育缺乏經費，“保工資”都成了很大的問題，對農村義務教育的投入越來越少。農村基礎教育將面臨學校危房沒有資金維修，學校辦公經費嚴重不足的困難境地。
缺乏技能培訓和市場培訓是目前農村勞動力的軟肋。而對于農民來講，在農村勞動力向城市的工業(yè)和第三產業(yè)轉移中，很多人并不具備足夠的勞動力素質，去適應城市里面的工作。而農村人口勞動力素質的關鍵又取決于農村教育水平，包括文化素質教育和專業(yè)的勞務技能教育。
農民的市場意識淡薄，在種、養(yǎng)的品種、結構上隨心所欲，很少考慮市場的潛在需求。地方政府對農業(yè)結構的引導與調整又常常缺乏全局的考慮，造成一哄而上、一哄而散。取消農業(yè)稅后，農業(yè)被進一步推向了市場，農民對市場的預期將直接影響農民的收入。因此，急需組織多種形式的培訓，引導并樹立農民的市場意識。
而基層干部的再教育問題尤為突出。當前急需解決以下問題：一是觀念轉變難，公仆意識欠缺。取消農業(yè)稅后，鄉(xiāng)村干部與農民的關系發(fā)生了很大的轉變，鄉(xiāng)村干部很難從觀念上樹立一種為農民服務的公仆意識，基層干部的服務能力也有問題。
另外，農村文化傳播手段滯后。鄉(xiāng)鎮(zhèn)文化站大多已停止了運轉，農民與外界的接觸只能通過電視。在農村調查中，大多數(shù)村還沒有有線電視。有些農村社會風氣越來越差，人們的道德觀念淡化，社會責任感缺乏，賭博之風盛行和信教農民越來越多。
六、農村土地承包糾紛增多
隨著農業(yè)稅取消和糧食直補、良種補貼政策的落實，土地收益回升，農民種田的積極性高漲，原來擁有土地使用權的進城農民工開始大批回鄉(xiāng)，要求轉包戶和鄉(xiāng)村干部返回原承包的土地；沒有趕上農村土地二輪延包的農戶，則根據(jù)國家現(xiàn)行的農村常駐人口。人人享有農村土地使用權的農村政策向鄉(xiāng)村干部施壓，要求重新調整土地；而目前占有土地承包權的農戶，也根據(jù)國家規(guī)定的農村土地承包30年不變的政策，極力反對重新調整農村土地。 如湖南澧縣某鄉(xiāng)，失地農戶高達42.2%，失地人口達31.1%.由此而引發(fā)了原承包戶與現(xiàn)租賃戶或承包戶之間的矛盾，2004年該鄉(xiāng)處理的案件就達184起，尤其是拋荒地糾紛多。這些土地承包糾紛規(guī)模大、涉及面廣。
總之，人多地少的矛盾，退與不退的矛盾，調與不調的矛盾，資金補償與資金缺乏的矛盾，將伴隨著農業(yè)稅取消的全過程，并相互交織，牽一發(fā)而動全身，成為當前農村社會矛盾的焦點和影響著農村社會穩(wěn)定的不確定的因素。
