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你公司作為農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)，收到合作社開具的稅率為 1% 的農(nóng)產(chǎn)品普通發(fā)票，不能抵扣 9%. 根據(jù)《財(cái)政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于簡并增值稅稅率有關(guān)政策的通知》（財(cái)稅〔2017〕37 號(hào)）等文件規(guī)定，一般納稅人購進(jìn)農(nóng)產(chǎn)品，只有從依照 3% 征收率計(jì)算繳納增值稅的小規(guī)模納稅人取得增值稅專用發(fā)票時(shí)，才能以增值稅專用發(fā)票上注明的金額和 9% 的扣除率計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額.