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在這種情況下，建設(shè)單位在付款時(shí)是否應(yīng)該扣減 6% 的稅差需要綜合考慮以下因素： 一、建設(shè)單位為一般納稅人 如果建設(shè)單位是一般納稅人： 一般情況下，建設(shè)單位在招投標(biāo)及定案時(shí)按照 9% 的稅率考慮成本，而中標(biāo)單位為小規(guī)模納稅人只能開具 3% 的發(fā)票，建設(shè)單位可能會(huì)考慮調(diào)減稅差。 然而，建設(shè)單位不能簡單地直接扣減 6% 的稅差。因?yàn)檎型稑?biāo)及定案的價(jià)格通常是綜合考慮了各項(xiàng)成本、利潤等因素確定的，并非單純基于稅率。如果要調(diào)整價(jià)格，需要與中標(biāo)單位進(jìn)行協(xié)商，根據(jù)實(shí)際情況重新確定合同價(jià)格或補(bǔ)償方式等。 二、建設(shè)單位為小規(guī)模納稅人 如果建設(shè)單位是小規(guī)模納稅人且收取普通發(fā)票： 從增值稅角度來看，小規(guī)模納稅人不能抵扣進(jìn)項(xiàng)稅，所以稅率的變化對(duì)其增值稅稅負(fù)沒有直接影響。 但是，建設(shè)單位仍需考慮整體項(xiàng)目成本。雖然小規(guī)模納稅人開具的 3% 稅率發(fā)票在增值稅上影響不大，但可能會(huì)影響到企業(yè)所得稅等其他稅費(fèi)的計(jì)算，以及項(xiàng)目的總成本和利潤。如果在招投標(biāo)及定案時(shí)未充分考慮小規(guī)模納稅人的稅率情況，可能會(huì)對(duì)項(xiàng)目預(yù)算和成本控制產(chǎn)生一定影響。 總之，無論是建設(shè)單位是一般納稅人還是小規(guī)模納稅人，都不能簡單地直接扣減 6% 的稅差。雙方應(yīng)根據(jù)合同約定、實(shí)際情況進(jìn)行協(xié)商，以確定合理的解決方案，避免產(chǎn)生合同糾紛和法律風(fēng)險(xiǎn)。同時(shí)，在招投標(biāo)過程中，應(yīng)明確對(duì)投標(biāo)人的納稅資格要求和發(fā)票開具要求，以減少后續(xù)可能出現(xiàn)的問題。