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增值稅方面 一般情況下，農(nóng)業(yè)合作社收到的與農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、銷售農(nóng)產(chǎn)品直接相關(guān)的補(bǔ)貼，如農(nóng)產(chǎn)品種植補(bǔ)貼、養(yǎng)殖補(bǔ)貼等，通常不需要繳納增值稅。因?yàn)檫@些補(bǔ)貼不屬于增值稅應(yīng)稅行為產(chǎn)生的收入。 但如果補(bǔ)貼是與增值稅應(yīng)稅貨物或應(yīng)稅行為（非農(nóng)業(yè)相關(guān)的經(jīng)營(yíng)活動(dòng)）有關(guān)，可能需要繳納增值稅。例如，合作社收到一筆用于農(nóng)產(chǎn)品加工后非免稅產(chǎn)品銷售環(huán)節(jié)的補(bǔ)貼，且該補(bǔ)貼與加工銷售應(yīng)稅產(chǎn)品的收入掛鉤，這部分補(bǔ)貼可能需要繳納增值稅。 企業(yè)所得稅方面 對(duì)于符合規(guī)定的財(cái)政性補(bǔ)貼，可作為不征稅收入。根據(jù)相關(guān)規(guī)定，企業(yè)從縣級(jí)以上各級(jí)人民政府財(cái)政部門及其他部門取得的應(yīng)計(jì)入收入總額的財(cái)政性資金，若同時(shí)符合以下條件，可以作為不征稅收入：一是企業(yè)能夠提供規(guī)定資金專項(xiàng)用途的資金撥付文件；二是財(cái)政部門或其他撥付資金的政府部門對(duì)該資金有專門的資金管理辦法；三是企業(yè)對(duì)該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨(dú)進(jìn)行核算。 不過(guò)，不征稅收入用于支出所形成的費(fèi)用，不得在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除；用于支出所形成的資產(chǎn)，其計(jì)算的折舊、攤銷不得在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除。如果不符合上述不征稅收入條件，或者合作社選擇不將補(bǔ)貼作為不征稅收入處理，那么補(bǔ)貼收入通常需要計(jì)入應(yīng)稅所得，繳納企業(yè)所得稅。