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如果申請留抵退稅金額和實際收到金額有差額，需要進行賬務處理。具體處理方式如下： 1.計算留抵稅額時，需要將應收留抵稅額退稅款科目和留抵稅額退稅科目進行記賬，分錄為：借：應收留抵稅額退稅款，貸：應交稅費—應交增值稅—留抵稅額退稅。 2.收到實際退稅后，需要將銀行存款科目和應收留抵稅額退稅款科目進行記賬，分錄為：借：銀行存款，貸：應收留抵稅額退稅款。 3.如果主管稅務機關(guān)核準的留抵退稅額小于申請的留抵退稅額，差額部分也需要用紅字沖減，會計分錄與不予核準的類同。