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是的，員工工資專(zhuān)項(xiàng)附加扣除是會(huì)在公司申報(bào)個(gè)稅時(shí)顯示出來(lái)的，只不過(guò)部分員工沒(méi)有填寫(xiě)正確，也可能是公司操作錯(cuò)誤，導(dǎo)致最終沒(méi)有正確的顯示出來(lái)，所以扣除了個(gè)稅。 系統(tǒng)顯示的個(gè)稅金額是在工資總額上扣除基本養(yǎng)老保險(xiǎn)金、醫(yī)療保險(xiǎn)金、失業(yè)保險(xiǎn)金和住房公積金之后再減去適當(dāng)?shù)膫€(gè)人所得稅扣除項(xiàng)目（6項(xiàng)工資專(zhuān)附扣除）來(lái)計(jì)算出來(lái)的。比如，若一個(gè)員工當(dāng)月薪資總額為4000元，基本養(yǎng)老保險(xiǎn)、醫(yī)療保險(xiǎn)、失業(yè)保險(xiǎn)以及住房公積金總共為800元，六項(xiàng)工資扣除總共275元，那么本月這個(gè)員工應(yīng)該交納的個(gè)稅就是：4000-800-275=3325 元*20%-666.50=80.50元。