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自然人稅收管理系統(tǒng)扣繳是指企業(yè)或個人在自然人稅收管理系統(tǒng)（如社保、公積金等）中根據(jù)相關(guān)法規(guī)，定期向稅務(wù)機關(guān)繳納當?shù)貞?yīng)納稅款額。例如，在某企業(yè)中，每個月有一名員工，該企業(yè)需要將其工資列入自然人稅收管理系統(tǒng)。首先，企業(yè)應(yīng)通過社保等相關(guān)稅收管理系統(tǒng)，根據(jù)該員工的個人資料和工資情況，計算出其應(yīng)繳納的稅款總額；第二，企業(yè)將計算出的稅款總額，定期向當?shù)氐亩悇?wù)機關(guān)報稅；最后，企業(yè)將應(yīng)扣除的稅款從該員工的工資中扣除，以便企業(yè)向稅務(wù)機關(guān)繳納稅款。