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處理已抵扣的增值稅進項稅額因票據(jù)不合規(guī)的，需要依照《企業(yè)所得稅暫行條例》和《增值稅暫行條例》有關規(guī)定辦理，一般有兩種處理方式：一、自行申報重新計算稅額：若票據(jù)被發(fā)現(xiàn)有不合規(guī)的，則應重新按照有效票據(jù)的規(guī)定進行計算，計算后的稅額減去原抵扣的稅額即為實際應付的稅額，由企業(yè)自行申報納稅；二、稅務機關核實后重新計算稅額：企業(yè)應當把不符合規(guī)定的票據(jù)交給稅務機關核實，稅務機關審核完畢，如果發(fā)現(xiàn)確有不合規(guī)的，則將企業(yè)根據(jù)有效票據(jù)重新計算出來的稅額，減去原抵扣的稅額，即為實際應付的稅款，由企業(yè)及時繳納。 至于增值稅附加稅可根據(jù)不合規(guī)的票據(jù)的類型分別進行判斷，一般若是補開發(fā)票給供應商的，則企業(yè)需要根據(jù)應納稅額重新計算，以實際應納稅額為準補繳增值稅附加稅，未補繳稅款可以抵扣未來申報的稅款，如果是收到供應商補足票據(jù)后，需要把補繳稅款申報給稅務機關，加上追回利息，一起繳納。 總之，對于已抵扣的增值稅進項稅額因票據(jù)不合規(guī)的情況，企業(yè)應及時重新計算稅額，按照有效票據(jù)的規(guī)定申報納稅，并補繳相應的增值稅附加稅費。 拓展知識：從2020年1月1日起，稅務管理機關開展增值稅改革，取消進項稅額抵扣，由工商銀行直接代扣代繳，前減收的進項稅額和此前抵扣的增值稅進項稅額，將按照規(guī)定繼續(xù)存放到企業(yè)專用賬戶，再供使用。