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在匯算清繳中，研發(fā)費用加計扣除應(yīng)是參考減除特殊收入成本后的數(shù)據(jù)。根據(jù)《企業(yè)所得稅匯算清繳暫行條例》第十五條第四款和第五款的規(guī)定，征管機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)核定企業(yè)研發(fā)費用的數(shù)額，并根據(jù)其研發(fā)費用的實際經(jīng)營情況參照國家規(guī)定的準(zhǔn)則確定加計扣除數(shù)額。由此可見，企業(yè)研發(fā)費用加計扣除應(yīng)以減除特殊收入成本后的研發(fā)費用為參照。減除特殊收入成本，可以保證研發(fā)費用真實、合理，從而使企業(yè)受益于研發(fā)活動。 此外，企業(yè)在匯算清繳的過程中，還應(yīng)按照相關(guān)規(guī)定，對專審中和年審專審中的研發(fā)費用進(jìn)行統(tǒng)計比較，以確保研發(fā)費用的開支是否符合國家規(guī)定。企業(yè)可以根據(jù)比較結(jié)果，采取有效的措施，加大研發(fā)費用的投入，保障企業(yè)發(fā)展，提高經(jīng)濟(jì)效益。