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可以的，根據(jù)《增值稅發(fā)票管理辦法》第七條的規(guī)定：“多個付款方或發(fā)票項目分類列報時，可以分開開具發(fā)票，但應(yīng)當(dāng)同時出示發(fā)票”，可見分開開具發(fā)票是允許的。對于對方公司的分公司，可以分別安排兩個發(fā)票內(nèi)容，并把發(fā)票號碼全部填在一張發(fā)票上就可以了。 拓展知識：《增值稅發(fā)票管理辦法》實施后，將為增值稅發(fā)票開票活動提供更為嚴格的規(guī)范和程序，保障發(fā)票的真實性，減少發(fā)票活動的違法和欺詐行為，促進增值稅發(fā)票管理活動合規(guī)化。