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沒有庫存，申請留底退稅時，首先要查詢企業(yè)是否有資格申請留底退稅，如果有資格，則根據(jù)國家稅務部門的規(guī)定，應當在實際發(fā)生的留底退稅金額，減去累計轉出的部分，申請留底退稅。具體而言，一般應當填寫申請留底退稅的表格，并附上企業(yè)價稅合計金額、增值稅實際繳納金額以及稅務機關出具的累計留底稅款轉出憑證等相關資料，向稅務機關提交申請，由稅務機關審核通過后，辦理留底退稅手續(xù)。 此外，企業(yè)在申請留底退稅時，應注意提交的資料合法且完整，及時準確的向稅務機關繳納稅款，遵守稅政政策，并嚴格按照政府規(guī)定執(zhí)行政策，從而有效地控制申請留底退稅的風險。