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答：是的，深圳公司申報員工工資也使用自然人扣繳端。自然人扣繳端是一種信息采集系統(tǒng)，主要用于收集和處理企業(yè)向員工支付的薪酬，并根據(jù)政府規(guī)定的工資支付標準，對自然人納稅進行扣繳。自然人扣繳端包括多個系統(tǒng)組件，包括網(wǎng)上結(jié)算系統(tǒng)、交易安全中心系統(tǒng)、計算機接口系統(tǒng)、數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)等。運用先進的技術(shù)和完善的安全機制，可以有效地保障企業(yè)和職工的稅收扣繳秩序。 拓展知識： 自然人扣繳端和企業(yè)扣繳端的區(qū)別：企業(yè)扣繳端主要是為企業(yè)提供多種稅務(wù)服務(wù)，包括對企業(yè)繳納稅款、報送納稅申報表、查詢稅款發(fā)放狀態(tài)、查詢企業(yè)稅收信息等；而自然人扣繳端則主要針對個人財務(wù)信息，主要工作是對員工的工資收入進行稅收的申報扣繳，涉及到收入扣除、減免稅等。