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首先，應確定企業(yè)申報的工資是否為實發(fā)工資的實際金額，如果確定的話，可以采取下列措施來處理： 一、減稅支付差額：企業(yè)在當月應繳納的個稅為實際實發(fā)工資減去申報工資后結果所產生的差額，以及對應的滯納金。 二、企業(yè)還需向職工發(fā)放實發(fā)工資，以補償實發(fā)工資與申報工資之間的差額，但需要補繳相應的個稅。 而根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》十一條規(guī)定，企業(yè)申報的職工工資大于實發(fā)工資的，企業(yè)還需要補繳相應的個稅，以改善企業(yè)的企業(yè)所得稅繳納義務。 拓展知識： 在繳納個人所得稅時，企業(yè)應根據(jù)實際實發(fā)工資金額依法計算并繳納個人所得稅，不得按照申報的職工工資進行繳納，否則會受到相應的處罰。