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在分公司付款時，可以由總公司給出發(fā)票，但需要說明一下原因才能使開票有效。首先，企業(yè)或分公司需要在備案階段表明總公司所發(fā)發(fā)票的實質性，例如，總公司的資金出入情況，對方收到付款，以及對方實際發(fā)出的發(fā)票內容。其次，發(fā)票需要由總公司簽署，并提供關聯(lián)性可依據(jù)的文件，以證明發(fā)票的有效性，以防止稅務查詢處造假之風。最后，可以考慮做一份說明文件，以提供稅務局證明總公司發(fā)出的發(fā)票的真實性的材料作為有效文件。 拓展知識： 在某些場合中，總公司給出發(fā)票可以更有效地實現(xiàn)公司的財務目標，比如節(jié)稅和抵扣等。另外，在開票的過程中，可以考慮簡化稅務審核程序，減少財務成本，提高企業(yè)審核效率。