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公司有個員工在兩處獲得工資薪金，一家公司收入4萬，另一家2000，都設(shè)置了每月5000減免費用，現(xiàn)在匯算清繳，需要補(bǔ)稅五千多，和我說因為2000的那家公司用了減免費用，導(dǎo)致她要補(bǔ)稅。稅務(wù)局系統(tǒng)里認(rèn)知她少繳了2000收入那個公司的6萬的對應(yīng)稅費（她本人說的，我沒理解什么意思）。請問這個2000列入工資薪金也有減免費用，會導(dǎo)致她多交稅，并影響她找下一份工作嗎。