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（1）核算對(duì)象不同。事業(yè)單位會(huì)計(jì)，是各級(jí)各類(lèi)事業(yè)單位核算、反映、監(jiān)督事業(yè)計(jì)劃執(zhí)行的會(huì)計(jì)。它不僅要核算預(yù)算資金的領(lǐng)取、創(chuàng)收、使用及執(zhí)行結(jié)果，又要核算經(jīng)營(yíng)資金活動(dòng)過(guò)程及其結(jié)果。而財(cái)政會(huì)計(jì)只核算預(yù)算資金的籌集、分配和執(zhí)行結(jié)果。 　　（2）會(huì)計(jì)結(jié)賬基礎(chǔ)不同。事業(yè)單位會(huì)計(jì)核算內(nèi)容，決定它的結(jié)賬基礎(chǔ)既采用“收付實(shí)現(xiàn)制”，又采用“權(quán)責(zé)發(fā)生制”。在同一個(gè)事業(yè)單位可同時(shí)采用兩種會(huì)計(jì)結(jié)賬基礎(chǔ)。對(duì)非成本核算的單位的預(yù)算資金收付，采用收付實(shí)現(xiàn)制。對(duì)實(shí)行成本核算的單位，則采用權(quán)責(zé)發(fā)生制作為會(huì)計(jì)結(jié)賬基礎(chǔ)。 　?。?）會(huì)計(jì)核算內(nèi)容不同。事業(yè)單位會(huì)計(jì)核算內(nèi)容較財(cái)政會(huì)計(jì)更廣，不僅要核算預(yù)算收支余超，用以考核事業(yè)單位預(yù)算資金使用效果，還要核算成本費(fèi)用，計(jì)算收益，以考核實(shí)行成本核算或有項(xiàng)目成本費(fèi)用核算單位在保證社會(huì)效益前提下，經(jīng)營(yíng)資金使用效益水平。 　?。?）會(huì)計(jì)科目設(shè)置、會(huì)計(jì)報(bào)表種類(lèi)不同。事業(yè)單位會(huì)計(jì)科目設(shè)置，必須根據(jù)事業(yè)單位財(cái)務(wù)管理要求，滿(mǎn)足會(huì)計(jì)核算需要，有利于加強(qiáng)事業(yè)單位管理。在會(huì)計(jì)科目設(shè)置上，既有預(yù)算資金收支科目，又有成本費(fèi)用科目。事業(yè)單位會(huì)計(jì)報(bào)表有經(jīng)營(yíng)支出明細(xì)表、凈資產(chǎn)變動(dòng)情況表等，而財(cái)政會(huì)計(jì)報(bào)表中無(wú)此表