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企業(yè)所得稅匯算清繳是指企業(yè)在一定時期內(nèi)按照法律規(guī)定計算應納企業(yè)所得稅的過程，包括核算應納稅所得額、計算應納稅額、抵扣已預繳稅款等。在企業(yè)所得稅匯算清繳中，預繳款項的處理方法如下：
1. 預繳款項抵扣：企業(yè)在匯算清繳時，可以將已經(jīng)預繳的企業(yè)所得稅款項抵扣應納稅額。如果預繳款項大于應納稅額，則可以退還多余的預繳款項。
2. 預繳款項結轉(zhuǎn)：企業(yè)在匯算清繳時，可以將已經(jīng)預繳的企業(yè)所得稅款項結轉(zhuǎn)到下一納稅期。結轉(zhuǎn)后的預繳款項可以抵扣下一期的企業(yè)所得稅應納稅額。

需要注意的是，企業(yè)在匯算清繳時，應當提供預繳稅款證明等相關證明材料，以便稅務機關核實企業(yè)的預繳款項是否真實有效。