在稅收籌劃中對企業(yè)組織形式的選擇上，一般認為，個人獨資企業(yè)只繳納個人所得稅。而一人公司，公司和股東要分別繳納企業(yè)所得稅和個人所得稅。所以個人獨資企業(yè)所得稅稅負要輕于一人公司稅負。但是由于新的企業(yè)所得稅法實施后，取消了內(nèi)資企業(yè)計稅工資限制，這一籌劃思路出現(xiàn)了新的變化。
根據(jù)《國務(wù)院關(guān)于個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)征收所得稅問題的通知》（國發(fā)[2000]16號）文件決定，從2000年1月1日起，個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)不再繳納企業(yè)所得稅，只對投資者個人取得的生產(chǎn)經(jīng)營所得征收個人所得稅。并且新的《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》也明確規(guī)定個人獨資企業(yè)、合伙企業(yè)不適用本法。因此，個人獨資企業(yè)沒有獨立的法人人格，不是單獨的納稅主體，只對其征收個人所得稅。
2006年1月實施的新《公司法》使得一人公司法律制度在我國得以首次確立，一人公司是依照《公司法》成立負有有限責(zé)任的法人企業(yè)，由于一人公司與其股東是兩個不同的法律主體，因此，在納稅時將一人公司與其股東分別對待，即對一人公司征收企業(yè)所得稅，再對股東分得的稅后利潤征收個人所得稅。實行雙重征稅。
新企業(yè)所得稅法實施前，內(nèi)資企業(yè)存在著計稅工資的限制，在此情況下，因企業(yè)所得稅的計稅工資與個人所得稅薪金扣除費用是一致的，其稅負分析如下：
如果一人公司年應(yīng)稅所得額在3萬元以下，按18％稅率繳納企業(yè)所得稅，那么其所得稅稅負率為18％＋（1－18％）×20％＝34.4％
如果年應(yīng)稅所得額在10萬元以下，按27％的稅率繳納企業(yè)所得稅，那么其所得稅稅負率為27％＋（1－27％）×20％＝41.6％。
如果一人公司應(yīng)稅所得額在10萬元以上，那么其所得稅稅負率為33％＋（1－33％）×20％＝46.4％。
而個人獨資企業(yè)適用5％~35％的五級超額累進稅率征收個人所得稅，3萬元以下的稅率為20％；5萬元以上稅率僅為35％，并且減除速算扣除數(shù)后其稅負要低于上述稅率。所以個人獨資企業(yè)所得稅稅負要輕于一人公司稅負。
新的企業(yè)所得稅法實施后，新稅法取消了原對內(nèi)資企業(yè)計稅工資的限制，對一人公司投資者的工資可以在稅前據(jù)實扣除，而根據(jù)稅法規(guī)定，個人獨資企業(yè)投資者的工資不可以稅前扣除，只可以扣除按工資、薪金征稅規(guī)定計算扣除相應(yīng)的費用。而根據(jù)《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整個體工商戶個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)個人所得稅稅前扣除標準有關(guān)問題的通知》財稅[2008]65號文件規(guī)定其費用標準為每年2.4萬元，所以，個人獨資企業(yè)的所得稅稅負并不一定始終低于一人公司稅負。
【案例解析】 某個人獨資企業(yè)與某一人公司在個人獨資企業(yè)未扣除投資者費用，一人公司未扣除投資者工資的情況下，年度利潤相同為22.4萬元，其個人獨資企業(yè)應(yīng)繳納個人所得稅（224000－24000）×35％-6750＝63250（元），稅負率為63250/224000×100%=28.24%。
一人公司的投資者如果每月發(fā)放12000元工資，則其投資者個人年度工資薪金收入應(yīng)繳納個人所得稅［（12000－2000）×20％－375］×12＝19500（元）
一人公司年度應(yīng)繳納企業(yè)所得稅（224000－12×12000）×20％＝16000（元）
投資者個人分回股利收入應(yīng)繳納個人所得稅（224000－12×12000－16000）×20％＝12800（元）
個人所得稅與企業(yè)所得稅合計為19500＋16000＋12800＝48300（元）
一人公司所得稅稅負為48300/224000×100％=21.56％
一人公司的稅負比個人獨資企業(yè)的稅負低6.68個百分點。
從上面的例子可以看出，新企業(yè)所得稅取消了計稅工資限制后，由于企業(yè)利潤情況的變化，個人獨資企業(yè)的所得稅稅負并不一定始終低于一人公司稅負，并且一人公司以有限責(zé)任公司的形式出現(xiàn)，只承擔(dān)有限責(zé)任，風(fēng)險相對較��；個人獨資企業(yè)由于要承擔(dān)無限責(zé)任，風(fēng)險較大。因此，投資者要綜合考慮所得稅稅負及各方面的因素，選擇設(shè)立適合自身實際情況的企業(yè)組織形式，以實現(xiàn)投資效益的最大化。