耕地占用稅與土地使用稅的共同點有：都適用《稅收征管法》和國務(wù)院發(fā)布的暫行條例，都由地方稅務(wù)機(jī)關(guān)征收，都實行幅度稅額從量定額征收，納稅人都包括外商投資企業(yè)和外國企業(yè)。
耕地占用稅與土地使用稅的不同點有：
1、定義不同：耕地占用稅是對占用耕地建房或從事非農(nóng)業(yè)建設(shè)的單位和個人，按其實際占用的耕地面積征收的一種稅。土地使用稅是在城市、縣城、建制鎮(zhèn)和工礦區(qū)范圍內(nèi)，對擁有土地使用權(quán)的單位和個人，以實際占用的土地面積為計稅依據(jù)，按規(guī)定稅額征收的一種稅，全稱為城鎮(zhèn)土地使用稅。
2、征收范圍不同：耕地占用稅是在全國范圍內(nèi)，就改變耕地用途的行為征收的稅。耕地占用稅一般一次性征收，以后不再征稅。土地使用稅是在城市、縣城、建制鎮(zhèn)和工礦區(qū)范圍內(nèi)，就使用土地的行為征收的稅。土地使用稅實行按年計征，分期繳納。新征用的耕地，自批準(zhǔn)征用之日起滿1年時開始繳納土地使用稅（因占用耕地要納耕地占用稅）；新征用的非耕地，自批準(zhǔn)征用次月起繳納土地使用稅。
3、納稅人不同：耕地占用稅的納稅人為占用耕地建房或者從事非農(nóng)業(yè)建設(shè)的單位或者個人。土地使用稅的納稅人為在城市、縣城、建制鎮(zhèn)、工礦區(qū)范圍內(nèi)使用土地的單位和個人。
4、計稅依據(jù)不同：耕地占用稅以納稅人實際占用的耕地面積為計稅依據(jù)，獲準(zhǔn)占用耕地的單位或者個人，應(yīng)當(dāng)在收到土地管理部門的通知之日起30日內(nèi)，持批準(zhǔn)占用耕地的文件向稅務(wù)機(jī)關(guān)申報繳納耕地占用稅。土地使用稅是以納稅人實際占用的土地面積為計稅依據(jù)，土地占用面積的組織測量工作，由省、自治區(qū)、直轄市人民政府根據(jù)實際情況確定，一般以政府部門核發(fā)的土地使用權(quán)證書確認(rèn)的土地使用面積為準(zhǔn)。
5、單位稅額不同：耕地占用稅的單位稅額，以縣為單位，以人均耕地面積為標(biāo)準(zhǔn)，實行幅度稅額為：人均耕地不超過1畝的地區(qū)（以縣級行政區(qū)域為單位，下同），每平方米為10元至50元；人均耕地超過1畝但不超過2畝的地區(qū)，每平方米為8元至40元；人均耕地超過2畝但不超過3畝的地區(qū)，每平方米為6元至30元；人均耕地超過3畝的地區(qū),每平方米為5元至25元。國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門根據(jù)人均耕地面積和經(jīng)濟(jì)發(fā)展情況確定各省、自治區(qū)、直轄市的平均稅額。各地適用稅額，由省、自治區(qū)、直轄市人民政府在規(guī)定的稅額幅度內(nèi),根據(jù)本地區(qū)情況核定。
土地使用稅也實行差別幅度稅額，每平方米年稅額為：大城市1.5元至30元；中等城市1.2元至24元；小城市0.9元至18元；縣城、建制鎮(zhèn)、工礦區(qū)0.6元至12元。省、自治區(qū)、直轄市人民政府，在規(guī)定的稅額幅度內(nèi)，根據(jù)市政建設(shè)狀況、經(jīng)濟(jì)繁榮程度等條件，確定所轄地區(qū)的適用稅額幅度。市、縣人民政府根據(jù)實際情況，將本地區(qū)土地劃分為若干等級，在省、自治區(qū)、直轄市人民政府確定的稅額幅度內(nèi)，制定相應(yīng)的適用稅額標(biāo)準(zhǔn)，報省、自治區(qū)、直轄市人民政府批準(zhǔn)執(zhí)行。
6、特點不同：耕地占用稅以占用耕地建房或從事非農(nóng)業(yè)建設(shè)的行為征稅，具有明顯的行為稅特點。開征土地使用稅是為了合理利用城鎮(zhèn)土地，調(diào)節(jié)土地級差收入，因此，土地使用稅具有財產(chǎn)稅或級差資源稅特點。