國稅函[2007]305號文《關于企事業(yè)單位公務用車制度改革后相關費用稅前扣除問題的批復》曾明確，企事業(yè)單位公務用車制度改革后，在規(guī)定標準內為員工報銷的油料費、過路費、停車費、洗車費、修理費、保險費等相關費用，以及以現金或實物形式發(fā)放的交通補貼，均屬于企事業(yè)單位的工資薪金支出，應一律計入企事業(yè)單位的工資總額，按照現行計稅工資標準進行稅前扣除。
新稅法實施后，國稅函[2007]305號文也自然失效，因此，企便函[2009]33號對企事業(yè)單位公務用車制度改革后為員工在規(guī)定的標準內報銷的燃油費，分兩個階段明確了企業(yè)所得稅適用政策：2008年1月1日（不含）以前，仍按國稅函[2007]305號文規(guī)定處理；2008年1月1日（含）以后，則按國稅函[2009]3號文《國家稅務總局關于企業(yè)工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》規(guī)定，為員工報銷的燃油費作為職工交通補貼在職工福利費中扣除。這里我們要注意三個問題：
1、新稅法實施前，內資企業(yè)工資的稅前扣除實行計稅工資或工效掛鉤工資標準稅前扣除辦法，而新稅法實施后，企業(yè)發(fā)生的合理工資薪金支出則統(tǒng)一實行據實扣除辦法，而職工福利費在不超過工資薪金總額14%范圍內準予扣除。因此，新稅法實施前，將公務用車制度改革后發(fā)給個人的交通補貼計入工資，可能會出現納稅調整，而新稅法實施后如果仍將其作為工資薪金，則一般不會存在納稅調整。企便函[2009]33號文要求2008年1月1日（含）以后為員工報銷的燃油費作為職工福利費處理，則仍可能出現納稅調整，因此這一改變顯然對企業(yè)是不利的；
2、國稅函[2007]305號文規(guī)定企事業(yè)單位公務用車制度改革后，為員工在規(guī)定的標準內報銷的油料費、過路費、停車費、洗車費、修理費、保險費等相關費用均作為工資薪金處理，國稅函[2009]3號文則只籠統(tǒng)地規(guī)定為職工發(fā)放的交通補貼作為職工福利費處理，而并未明確“交通補貼”的具體內容。企便函[2009]33號文只明確企事業(yè)單位公務用車制度改革后為員工在規(guī)定的標準內報銷的燃油費在新稅法實施后作為職工福利費處理，那么為職工報銷的過路費、停車費、洗車費、修理費、保險費等相關費用在稅前如何處理呢？文件并未明確；
3、企便函[2009]33號文明確企事業(yè)單位公務用車制度改革后為員工在規(guī)定的標準內報銷的燃油費在新稅法實施后作為職工福利費處理，但在個人所得稅的處理上，根據國稅函[2006]245號《關于個人因公務用車制度改革取得補貼收入征收個人所得稅問題的通知》，仍應按照“工資、薪金所得”項目計征個人所得稅。具體計征方法，企便函[2009]33號文明確應按國稅發(fā)[1999]058號文《關于個人所得稅有關政策問題的通知》相關規(guī)定執(zhí)行，即個人因公務用車和通訊制度改革而取得的公務用車補貼收入，扣除一定標準的公務費用后，按照“工資、薪金”所得項目計征個人所得稅。關于公務費用的扣除標準，企便函[2009]33號文也作了進一步明確，即公務費用扣除標準由當地政府制定，如當地政府未制定公務費用扣除標準，按交通補貼全額的30%作為個人收入扣繳個人所得稅。