保稅港區(qū)的諸多優(yōu)惠政策不是對現(xiàn)行優(yōu)惠政策的簡單疊加，而是從疊加中發(fā)揮更大的政策效應(yīng)。
保稅港區(qū)是設(shè)立在國家對外開放的口岸港區(qū)和與之相連的特定區(qū)域內(nèi)，它具有保稅區(qū)、保稅物流園和出口加工區(qū)“三區(qū)合一”的政策優(yōu)勢，還兼?zhèn)涮赜械目诎恫僮鞴δ堋?
保稅港區(qū)可以存儲(chǔ)進(jìn)出口貨物和其他未辦結(jié)海關(guān)手續(xù)的貨物、國際轉(zhuǎn)口貿(mào)易、國際采購、分銷和配送、國際中轉(zhuǎn)、檢測和售后服務(wù)維修、商品展示、研發(fā)、加工、制造、港口作業(yè)等功能，享受保稅區(qū)、出口加工區(qū)相關(guān)的稅收和外匯管理政策。
目前，保稅港區(qū)的諸多優(yōu)惠政策不是對現(xiàn)行優(yōu)惠政策的簡單疊加，而是從疊加中發(fā)揮更大的政策效應(yīng)。即：境外貨物入港區(qū)保稅；貨物出港區(qū)進(jìn)入國內(nèi)銷售按貨物進(jìn)口的有關(guān)規(guī)定辦理報(bào)關(guān)手續(xù)，并按貨物實(shí)際狀態(tài)征稅；國內(nèi)貨物入港區(qū)視同出口，實(shí)行退稅；港區(qū)內(nèi)企業(yè)之間的貨物交易不征增值稅和消費(fèi)稅。
港區(qū)與境外的監(jiān)管及稅收
港區(qū)海關(guān)對進(jìn)、出口的貨物實(shí)行備案制管理，對從境外進(jìn)入保稅港區(qū)的貨物予以保稅。
1.從境外進(jìn)入港區(qū)的貨物，海關(guān)免征進(jìn)口關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅，主要包括：區(qū)內(nèi)生產(chǎn)性的基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項(xiàng)目所需的機(jī)器、設(shè)備和建設(shè)生產(chǎn)廠房、倉儲(chǔ)設(shè)施所需的基建物資；區(qū)內(nèi)企業(yè)生產(chǎn)所需的機(jī)器、設(shè)備、模具及其維修用零配件；區(qū)內(nèi)企業(yè)和行政管理機(jī)構(gòu)自用合理數(shù)量的辦公用品。
2.從境外進(jìn)入港區(qū)，供區(qū)內(nèi)企業(yè)和行政管理機(jī)構(gòu)自用的交通運(yùn)輸工具、生活消費(fèi)用品，海關(guān)按照有關(guān)規(guī)定征收進(jìn)口關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅。
3.從港區(qū)運(yùn)往境外的貨物免征出口關(guān)稅，但法律、行政法規(guī)另有規(guī)定的除外。
港區(qū)與區(qū)外的監(jiān)管及稅收
區(qū)外貨物進(jìn)入港區(qū)的，按照規(guī)定簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單證（出口退稅專用聯(lián)）。
1.從區(qū)外進(jìn)入港區(qū)，供港區(qū)內(nèi)企業(yè)開展業(yè)務(wù)的國產(chǎn)貨物及其包裝物料、轉(zhuǎn)關(guān)出口的貨物，海關(guān)按照對出口貨物的有關(guān)規(guī)定辦理，簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單（出口退稅專用聯(lián)）。
2.從區(qū)外進(jìn)入港區(qū)，供港區(qū)行政管理機(jī)構(gòu)和區(qū)內(nèi)企業(yè)使用的國產(chǎn)基建物資、機(jī)器、裝卸設(shè)備、管理設(shè)備、辦公用品等，海關(guān)按照對出口貨物的有關(guān)規(guī)定辦理，簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單（出口退稅專用聯(lián)）。
3.從區(qū)外進(jìn)入港區(qū)，供港區(qū)行政管理機(jī)構(gòu)和區(qū)內(nèi)企業(yè)使用的生活消費(fèi)用品和交通運(yùn)輸工具，海關(guān)不予簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單（出口退稅專用聯(lián)）。
4.從區(qū)外進(jìn)入港區(qū)的原進(jìn)口貨物、包裝物料、設(shè)備、基建物資等，區(qū)外企業(yè)應(yīng)當(dāng)向海關(guān)提供上述貨物或者物品的清單，按照出口貨物的有關(guān)規(guī)定辦理申報(bào)手續(xù)，海關(guān)不予簽發(fā)出口貨物報(bào) 關(guān)單（出口退稅專用聯(lián)），原已繳納的關(guān)稅、進(jìn)口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅不予退還。
5.區(qū)內(nèi)貨物到區(qū)外進(jìn)行各種加工、維修等活動(dòng)，比照境外貨物進(jìn)入境內(nèi)辦理。
6.區(qū)外進(jìn)入港區(qū)內(nèi)的貨物，如需退運(yùn)到區(qū)外的，屬于尚未辦理出口退（免）稅手續(xù)的，可以向港區(qū)主管海關(guān)辦理退運(yùn)手續(xù)。
7.因不可抗力造成貨物損毀、滅失的部分貨物，可以退換為與損毀貨物相同或者類似的貨物，屬于尚未辦理出口退稅手續(xù)的，可以向港區(qū)主管海關(guān)辦理退運(yùn)手續(xù)；屬于已經(jīng)辦理出口退稅手續(xù)的，按照進(jìn)境貨物運(yùn)往區(qū)外的有關(guān)規(guī)定進(jìn)行征稅。
港區(qū)與區(qū)域的監(jiān)管及稅收
海關(guān)對于港區(qū)與其他海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域或者保稅監(jiān)管場所之間往來的貨物，實(shí)行保稅監(jiān)管，不予簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單（出口退稅專用聯(lián)）。
1.港區(qū)與其他海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域或者保稅監(jiān)管場所之間的流轉(zhuǎn)貨物，不征收進(jìn)、出口環(huán)節(jié)的有關(guān)稅收。
2.承運(yùn)港區(qū)與其他海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域或者保稅監(jiān)管場所之間往來貨物的運(yùn)輸工具，應(yīng)當(dāng)符合海關(guān)監(jiān)管要求。
港區(qū)內(nèi)的監(jiān)管及稅收
保稅港區(qū)內(nèi)貨物可以自由流轉(zhuǎn)；港區(qū)內(nèi)企業(yè)不實(shí)行加工貿(mào)易銀行保證金臺(tái)賬和合同核銷制度，海關(guān)對港區(qū)內(nèi)加工貿(mào)易貨物不實(shí)行單耗標(biāo)準(zhǔn)管理。港區(qū)內(nèi)企業(yè)加工、生產(chǎn)的貨物,凡屬于貨物直接出口和銷售給區(qū)內(nèi)企業(yè)的,免征增值稅、消費(fèi)稅；港區(qū)內(nèi)企業(yè)出口到境外或國內(nèi)的貨物,不予辦理退稅。
如果因保管不善等非不可抗力因素造成損毀、滅失的貨物，如是從境外進(jìn)入港區(qū)的貨物，港區(qū)內(nèi)企業(yè)應(yīng)當(dāng)按照一般貿(mào)易進(jìn)口貨物的規(guī)定，按照海關(guān)審定的貨物損毀或滅失前的完稅價(jià)格，以貨物損毀或滅失之日適用的稅率、匯率繳納關(guān)稅、進(jìn)口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅；如是從區(qū)外進(jìn)入港區(qū)的貨物，港區(qū)內(nèi)企業(yè)應(yīng)當(dāng)重新繳納因出口而退還的國內(nèi)環(huán)節(jié)有關(guān)稅收，海關(guān)據(jù)此辦理核銷手續(xù)，已繳納出口關(guān)稅的，不予以退還。
出口退（免）稅的辦理
對于區(qū)外企業(yè)進(jìn)入保稅港區(qū)享受出口退（免）稅的貨物，具體申報(bào)應(yīng)比照《國家稅務(wù)總局關(guān)于洋山保稅港區(qū)等海關(guān)監(jiān)管特殊區(qū)域有關(guān)稅收問題的通知》（國稅函〔2006〕1226號）、《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈出口加工區(qū)稅收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2000〕155號）、《國家稅務(wù)總局關(guān)于出口加工區(qū)耗用水、電、氣準(zhǔn)予退稅的通知》（國稅發(fā)〔2002〕116號）和《國家稅務(wù)總局關(guān)于蕪湖出口加工區(qū)基建物資出口退稅的批復(fù)》（國稅函〔2004〕805號）的規(guī)定執(zhí)行，享受出口加工區(qū)的稅收政策。