最近，國家稅務(wù)總局先后下發(fā)《關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（國稅函[2010]220號）和《關(guān)于加強土地增值稅征管工作的通知》（國稅發(fā)[2010]53號），就加強土地增值稅征收管理（清算）工作作出進一步規(guī)定。
統(tǒng)一規(guī)定并適當(dāng)提高預(yù)征率
稅法規(guī)定，土地增值稅清算前要實行按收入的一定比例預(yù)征，該預(yù)征率由各地自行確定。但大多數(shù)地方規(guī)定的預(yù)征率偏低，導(dǎo)致大部分房地產(chǎn)開發(fā)商不愿意進行清算補稅。因此，本次國稅發(fā)[2010]53號文件提出要科學(xué)合理制定預(yù)征率，并直接確定最低預(yù)征率。文件規(guī)定，除保障性住房外，東部地區(qū)省份預(yù)征率不得低于2%，中部和東北地區(qū)省份不得低于1.5%，西部地區(qū)省份不得低于1%，各地要根據(jù)不同類型房地產(chǎn)確定適當(dāng)?shù)念A(yù)征率（地區(qū)的劃分按照國務(wù)院有關(guān)文件的規(guī)定執(zhí)行）。
核定征收比例提高
土地增值稅的計征辦法有查賬清算和按收入的固定比例核定征收兩種方式，采取核定征收方式的，無論開發(fā)項目利潤是多少，都按固定比例納稅。因此，部分房地產(chǎn)企業(yè)為了少繳土地增值稅，以各種理由選擇核定納稅。國稅發(fā)[2010]53號文件第四條要求規(guī)范核定征收，堵塞稅收征管漏洞。文件指出，核定征收必須嚴(yán)格依照稅收法律法規(guī)規(guī)定的條件進行，任何單位和個人不得擅自擴大核定征收范圍。凡擅自將核定征收作為本地區(qū)土地增值稅清算主要方式的，必須立即糾正。對確需核定征收的，要嚴(yán)格按照稅收法律法規(guī)的要求，從嚴(yán)、從高確定核定征收率。為了規(guī)范核定工作，核定征收率原則上不得低于5%，各省級稅務(wù)機關(guān)要結(jié)合本地實際，區(qū)分不同房地產(chǎn)類型制定核定征收率。
按售房合同金額確認收入
土地增值稅清算時，有些房地產(chǎn)公司遲遲不給購房者開具發(fā)票，從而影響對收入的確認。鑒于此，國稅函[2010]220號文件在收入確認方面規(guī)定，土地增值稅清算時，已全額開具商品房銷售發(fā)票的，按照發(fā)票所載金額確認收入。未開具發(fā)票或未全額開具發(fā)票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。銷售合同所載商品房面積與有關(guān)部門實際測量面積不一致，在清算前已發(fā)生補、退房款的，應(yīng)在計算土地增值稅時予以調(diào)整。
未取得發(fā)票的開發(fā)成本不得扣除
土地增值稅清算一般在項目完工并大部分銷售后，因此，計提的以及未開具發(fā)票的成本費用不得計入扣除項目，即使是扣留的質(zhì)量保證金部分也是如此。國稅函[2010]220號文件第二條規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在工程竣工驗收后，根據(jù)合同約定，扣留建筑安裝施工企業(yè)一定比例的工程款，作為開發(fā)項目的質(zhì)量保證金，在計算土地增值稅時，建筑安裝施工企業(yè)就質(zhì)量保證金對房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開具發(fā)票的，按發(fā)票所載金額予以扣除。未開具發(fā)票的，扣留的質(zhì)量保證金不得計算扣除。
房地產(chǎn)開發(fā)費用按比例計算扣除
房地產(chǎn)開發(fā)費用只包括管理費用、銷售費用和財務(wù)費用。財務(wù)費用中的利息費用，扣除獨立計算，已經(jīng)計入房地產(chǎn)開發(fā)成本的利息支出，應(yīng)調(diào)整至財務(wù)費用中計算扣除。即不計入開發(fā)成本中扣除，不實行加計扣除。國稅函[2010]220號文件規(guī)定：
1.財務(wù)費用中的利息支出，凡能夠按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項目計算分?jǐn)偛⑻峁┙鹑跈C構(gòu)證明的，允許據(jù)實扣除，但最高不能超過按商業(yè)銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產(chǎn)開發(fā)費用，按照“取得土地使用權(quán)所支付的金額”與“房地產(chǎn)開發(fā)成本”金額之和的5%以內(nèi)計算扣除。
2.凡不能按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項目計算分?jǐn)偫⒅С龌虿荒芴峁┙鹑跈C構(gòu)證明的，房地產(chǎn)開發(fā)費用按“取得土地使用權(quán)所支付的金額”與“房地產(chǎn)開發(fā)成本”金額之和的10%以內(nèi)計算扣除。全部使用自有資金，沒有利息支出的，按照以上方法扣除。對此，部分省市明確規(guī)定，沒有利息支出的，只能按規(guī)定在5%之內(nèi)計算扣除。
拆遷安置房既算收入也算扣除
房地產(chǎn)企業(yè)的拆遷補償支出，在計算土地增值稅時，計入開發(fā)成本。但如果房地產(chǎn)企業(yè)用自行開發(fā)建造的房產(chǎn)項目安置回遷戶，安置用房視同銷售處理，按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)[2006]187號）第三條第一項的規(guī)定確認收入，同時，將此確認為房地產(chǎn)開發(fā)項目的拆遷補償費。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)支付給回遷戶的補差價款，計入拆遷補償費�；剡w戶支付給房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)的補差價款，應(yīng)抵減本項目拆遷補償費。如開發(fā)企業(yè)采取異地安置，異地安置的房屋屬于自行開發(fā)建造的，房屋價值也要按規(guī)定計算收入，同時計入本項目的拆遷補償費。異地安置的房屋屬于購入的，以實際支付的購房支出計入拆遷補償費。對于貨幣安置拆遷的，企業(yè)應(yīng)憑合法有效憑據(jù)計入拆遷補償費。
國稅函[2010]220號文件同時規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)逾期開發(fā)繳納的土地閑置費不得扣除。雖然此項費用可以在企業(yè)所得稅稅前扣除，但計算土地增值稅時，不得扣除。文件對實踐中不明確的企業(yè)為取得土地使用權(quán)所支付的契稅，允許計入“取得土地使用權(quán)所支付的金額”中扣除。